Função: tabvida()

Contextualização

A tabela de vida de uma espécie apresenta uma descrição dos estágios de desenvolvimento da espécie e serve para mostrar as variações nas taxas de sobrevivência conforme a idade, tamanho ou ciclo de vida. A construção de tabelas de vida de espécies é feita por meio da obtenção de dados de padrões de nascimento e de morte, necessários para que seja possível compreender as tendências populacionais atuais ou prever tamanhos populacionais futuros (Cain et al., 2011). Para uma explicação mais detalhada sobre a Tabela de Vida e seus componentes consulte: Leverich et al. (1979).

Objetivos

A função tabvida() terá como objetivos: (1) calcular os parâmetros da Tabela de vida de espécies e (2) gerar um gráfico da curva de sobrevivência de espécies.

Cálculos e dados para construção da função

Como modelo de tabela será utilizado um exemplo extraído de (Leverich et al., 1979 - ver tabela 1). Os dados de P. drummondii também serão utilizados para a construção do help da função e, também, servirão como dados de entrada para teste da funcionalidade da função.

• Parâmetros que comporão a tabela de vida:
• Intervalos de idade (x-x1): descreverá o ciclo de vida da espécie, ou seja, cada fase do desenvolvimento possui x1 dias, portanto, o intervalo representará o dia de início do intervalo de idade (x) e o último dia do intervalo de idade (x1).
• Tamanho de cada intervalo (Dx): total de dias de cada intervalo.
• Número de sobreviventes no dia x (Nx): número total de indivíduos vivos no dia x. Primeira linha da coluna deverá ser informada (Nxi), depois deverá ser feita a subtração entre os elementos das colunas, por exemplo: primeiro elemento da coluna Nx subtraído pelo primeiro elemento da coluna dx será igual ao segundo elemento da coluna Nx; ou seja: (Nxi-dxi=Nxii).
• Proporção de sobreviventes no dia x (lx): (1 x Nx)/total de indivíduos da primeira linha da coluna Nx, que no exemplo de P. drummondii é = 996, que representa o total de indivíduos a partir do qual a tabela começa a ser construída.
• Número de mortos durante o intervalo (dx): número indivíduos mortos por cada intervalo; o número de mortos por dia será informado e a partir disso será contado o número de mortos por cada intervalo.
• Taxa de mortalidade por dia (qx): ((dx/Nx)/Dx).

Planejamento da função

Entrada: tabvida(x, x1, mt, Nxi)

• x = vetor contendo o dia inicial de cada classe de idade: class=numeric; o primeiro elemento deve ser igual a zero.
• x1 = vetor contendo o último dia de cada classe de idade: class=numeric.
• mt = data.frame contendo o dia que cada indivíduo morreu: class=numeric.
• Nxi = total de indivíduos a partir dos quais a tabela de vida será calculada: class=numeric, Nxi > 0.

Verificando os parâmetros

• x = é formado por números inteiros e o primeiro elemento == 0? Caso não, escrever: “deve conter apenas números inteiros e primeiro elemento deve ser ==0”.
• x1 = é formado por números inteiros? Caso não, escrever: “deve conter apenas números inteiros”.
• mt = é formado por números inteiros? Caso não, escrever: “deve conter apenas números inteiros”.
• Nxi = é um número inteiro > 0? Caso não, escrever: “deve ser um número inteiro > 0”.

Pseudocódigo

1. Conta os dias de cada intervalo (x-x1) e guarda em Dx.
2. Calcula o número de mortos durante cada intervalo de classe (x1-x) e guarda em dx.
3. Cria a coluna Nx.
4. Guarda Nxi na primeira linha de Nx.
5. Calcula: Nxi – dxi para obter Nxii e assim sucessivamente até obter todos os elementos de Nx.
6. Calcula a proporção sobrevivente no dia x e guarda em lx.
7. Calcula a taxa de mortalidade por dia e guarda em qx.
8. Constrói uma data.frame com todos os parâmetros calculados.
9. Constrói um gráfico da curva de sobrevivência: será plotado no eixo y o número de sobreviventes no dia x (Nx) e no eixo x a idade no dia x.

Saídas

• tabvida() retornará: data.frame contendo as colunas: x, x1, Dx, Nx, lx, dx, qx, e um gráfico da curva de sobrevivência da espécie.

Referências

Cain, Michael L; Bowman, William D; Hacker, Sally D. Ecologia. Porto Alegre: Artmed, 2011, 640p.

Leverich, W. J. & Levin, D. A. (1979). Age-Specific Survivorship and Reproduction in Phlox drummondii. The American Naturalist, 113(6), 881–903.

PROPOSTA B: CÁLCULO DO ÍNDICE DE MASSA CORPORAL (IMC)

PROPOSTA C: ANAGRAMAS