Conforme orientação, irei prosseguir com a minha proposta B.

Função “filoprop()“

Investigar como os caracteres estão distribuídos ao longo da filogenia pode ser crucial em estudos eco-evolutivos. Uma forma bastante ilustrativa de investigar os padrões filogenéticos é visualizar a distribuição dos caracteres em uma árvore filogenética. Tendo isso em vista, a função “filoprop()” vai ilustrar a proporção relativa de uma variável de interesse em uma árvore filogenética. A figura teste_taio_circ.pdf é uma árvore filogenética a nível de gênero de palmeiras neotropicais. Em cada ponta dessa árvore há um gráfico de setores ilustrando a proporção relativa de cores de frutos. A função “filoprop()” vai gerar uma árvore como essa com uma legenda explicativa. O usuário poderá escolher o tipo de árvore, se circular, cladograma etc.

Argumentos

1) dados - um objeto data.frame com a variável de interesse em que o nome das linhas terão que ser o nome dos táxons de interesse.

2) filogenia - um objeto tipo “phylo” a nível do táxon de interesse.

4) arvore - tipo de árvore de saída (se “circular” ou “cladograma” por ex.)

3) variavel - nome da coluna do objeto “dados” com a variável de interesse.

5) categorias - um número inteiro especificando o número de categorias da variável contínua.

6) cores - um vetor de cores para as categorias.

7) nas - Default: TRUE. Se TRUE a função irá representar a proporção de NAs com a cor cinza. Se FALSE ela irá remover os NAs.

Passos iniciais

1) a função terá que verificar qual a classe do vetor da variável de interesse. Se “character” ela vai prosseguir. Se “numeric” ela vai dividir o vetor pelo número de categorias discriminadas no argumento “categorias”, transformar em “character” e prosseguir. Se for alguma outra classe ela vai gerar uma mensagem de erro alertando que o vetor da variável tem que ser do tipo “character” ou “numeric”.

2) a função irá fazer com que as espécies do objeto “phylo” sejam as mesmas que no objeto data.frame e vice versa.

Obs: Não estou muito seguro se conseguirei lidar com variáveis categóricas e contínuas. Na pior das hipóteses, farei só pra variáveis categóricas.