Vou aproveitar para tirar algumas dúvidas.

A função em si está pronta, mas gostaria de saber se ela faz sentido para outras pessoas como parece fazer para mim. A principal pergunta é: vocês consideram o output adequado?

Aproveitando a orientação do Alê de definir antes o que a função faria (método de rarefação), qual o índice com o qual eu iria trabalhar (riqueza de espécies) e o que a função iria retornar (a média da riqueza de espécies simulada para vários valores de abundância de espécies e seus respectivos intervalos de confiança).

Assim, vou sumarizar aqui como ficou até agora. Minha maior incerteza é quanto a adequação dos objetos “resultados” gerados.

⇒ O input é um vetor (ou coluna de matriz) com a abundância de espécies encontrada em uma amostra.
⇒ A função realiza simulação da riqueza de espécies amostradas para diferentes níveis de abundância, até um valor máximo de abundância a ser informado pelo usuário.
⇒ A função gera três objetos:

1) matriz das simulações realizadas, cada simulação é uma coluna. Esse objeto ficará guardado, mas não será mostrado, a não ser que a pessoa 'chame o objeto' e queira analisá-lo.
2) matriz com a média e intervalos de confiança da média para cada valor de abundância
3) curva de rarefação (matriz com os valores integrais de riqueza média, e dos limites máximo e mínimo dos intervalos de confiança em torno da média.

Porém, eu escolhi como output ideal apenas o objeto matriz com os dados da curva de rarefação simulada e o intervalo de confiança de 95%

Um objetivo é poder plotar as curvas de riqueza simulada com os intervalos de confiança posteriormente, se eu quiser (ou seja, configurar esse gráfico para ficar “bonitinho” não será parte dessa função )