Mestrando em Ecologia, LabLimno, USP.

http://lattes.cnpq.br/5422639806502079

Minha proposta é produzir uma curva de acumulação de espécies de macrófitas aquáticas, plotando o número de espécies encontrado em função do número acumulado de pontos de coleta.

1. Fica interessante se vc fizer uma curva de número esperado de espécies por esforço amostral: faça amostra de diferentes tamanhos reamostrando seus dados, calcule a riqueza de cada uma destas amostras. Repita isto muitas vezes para cada tamanho de amostra e vc poderá calcular o nuemro meiod e espécies para cada tamanho. Depois é só plotar isto.
2. Dá para incrementar e calcular o intervalod e confiança empírico, com a função quantile aplicada sobre o conjutnod e valores das randomizações para cada esforço amostral.
3. Sua função pode ter a opção de reamostragem com e sem reposição. O segundo caso é uma aproximação da rarefação.
4. Um artigo útil: Gotelli, N., and Colwell, R. K. 2001. Quantifying biodiversity: Procedures and pitfalls in the measurement and comparison of species richness. Ecology Letters 4:379-391.

Meu Plano B é realizar uma curva de abundância de espécies, onde o eixo x seria dado pela sequência de espécies, iniciando com as espécies mais abundantes, e o eixo y a abundância de espécies. Meu objetivo é avaliar se as macrófitas aquáticas apresentam alguns dos modelos clássicos de distribuição de abundância de espécies, como a série geométrica, a série logarítmica, a distribuição logaritmo-normal, e o modelo broken-stick.

O gráfico é tranquilo e é um bom plano B. A parte dos ajuste já é mais complicadinha. As receitas para fazer os ajustes de algumas destas ditribuições estão Magurran (2004)¹⁾. A maneira de plotar as curvas esperadas sobre os gráficos de rank-abundância é explicada no apêndice de May (1975)²⁾

curv.abund=function(x)
	{
	temp1=colSums(x, na.rm = TRUE)
	temp2=rev(sort(log(temp1)))
	plot(temp2,xlab="Ordenação das Espécies",ylab="Frequência de espécies(log)")
	lines(temp2,col="red")
	}