Página de ajuda da função

 
diversity.random                package: sem pacote                R Documentation

~~A função calcula os índices de diversidade e verifica a probabilidade de ocorrência dos valores observados por meio da aleatorização do banco de dados.~~

Description:

     ~~A função "diversity.random" retorna os índices de diversidade shannon e/ou simpson, uma lista com valores simulados a partir da aleatorização do banco de dados,
       uma matriz com os valores de p para cada um dos índices observados, a média dos valores simulados, e o intervalo de confiança para os valores simulados.
       Tem como objetivo obter os índices de diversidade para cada uma das parcelas e/ou comunidades e verificar qual a probabilidade de se obter um valor maior ou igual ao observado 
       de forma aleatória.~~

Usage:

     ~~diversity.random(x,indice=, nsim=100) ~~

Arguments:

     ~~x = objeto do tipo data.frame  contendo linhas como parcelas e/ou localidades e colunas como espécies.
       Índice = índice de diversidade que o usuário deseja calcular: "sh" - shanonn, "si"- simpson.
       nsim= número de simulações.~~ 

Details:

     ~~ Por default, se o usuário não informa o índice desejado será retornado o índice de shannom e aleatorização do banco ocorrerá por meio de 100 simulações
        recomenda-se não utilizar simulações superiores a 1000, devido a lentidão do processo.~~

Value:

     ~~diversity.random, retornará uma lista contendo:

       simulações: valores simulados dos índices de diversidade obtidos a partir da aleatoriazação do banco de dados, por meio de suas linhas e colunas

       índice de diversidade observado: valores calculados para o índice shannon e/ou simpson

       valor-p: valores de p obtidos por meio da comparação dos valores simulados com os índices observados.

       medias das simulações: média obtida por meio dos valores simulados.
       
       IC - média das simulações: intervalo de confiança de 95% dos valores obtidos por meio das simulações.~~  

     ...

Warning:

     ....

Note:
    
     ...
   

Author(s):

     ~~Ramon Wilk da Silva
       email: ramonwilk@usp.br~~

References:

     ~SHANNON, C. . A Mathematical Theory of Communication. The bell system Technical Jornal, v. 27, p. 379–423, 1948. 
      SIMPSON, E. H. Measurement of diversity. Nature, v. 163, n. 4148, p. 688, 1949.~

See Also:

     ...

Examples:

       sp1=c(5,7,9,12,3,1)
       sp2=c(4,NA,13,0,15,3)
       sp3=c(0,5,12,67,NA,12)
       sp4=c(2,0,NA,8,20,4)
       x=cbind(sp1,sp2,sp3,sp4)
       x=as.data.frame(x)
       rownames(x)<- paste(rep("parc",6), sep="_", 1:6)
       x

 diversity.random(x,indice="sh",nsim=1000)

        library(vegan)
        data(BCI, package="vegan")
        BCI

diversity.random(BCI, "si", 50)