Alessandra Rocha

segundos / 60) + minutos) + graus A função proposta pretende fazer este cálculo e criar um dataframe com as coordenadas convertidas. Para isso, a tabela de entrada deve possuir três colunas nomeadas como “grau”, “min” e “seg” contendo as respectivas informações nas linhas. Planejamento da função Entrada:convert.dec(tabela) *tabela = um dataframe contendo 3 colunas nomeadas como: “graus”, “min”, “seg”. Verificando os parâmetros

• a tabela possui uma coluna chamada “graus”? Se não, escreve: “a tabela não possui uma coluna chamada “graus”
• a tabela possui uma coluna chamada “min”? Se não, escreve: “a tabela não possui uma coluna chamada “min”
• a tabela possui uma coluna chamada “seg”? Se não, escreve: “a tabela não possui uma coluna chamada “seg”

Pseudo-código

1. cria um objeto que exclui os valores NA do cálculo
2. cria um objeto com a conversão da coordenada GMS em graus decimais
3. cria um dataframe com as coordenadas em GMS e as coordenadas em graus

decimais calculadasSaída

• dataframe com as três colunas contendo os “graus”, “min” e “seg” e uma quarta coluna contendo as coordenadas em graus decimais calculadas.

2.Referências do Amaral K, Danilewicz D, Zerbini A, Di Beneditto AP, Andriolo A, Alvares DJ, Secchi E, Ferreira E, et al. 2018. Reassessment of the franciscana Pontoporia blainvillei (Gervais & d'Orbigny, 1844) distribution and niche characteristics in Brazil. Journal of Experimental Marine Biology and Ecology (508)1:12. https://doi.org/10.1016/j.jembe.2018.07.010 Leeney RH, Amies R, Broderick AC, Witt MJ, Loveridge J, Doyle J,Godley BJ. 2008. Spatio-temporal analysis of cetacean strandings and bycatch in a UK Wsheries hotspot. Biodivers Conserv (2008) 17:2323–2338. DOI 10.1007/s10531-008-9377-5

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Função dist.costa()

===== Função "dist.costa"===== Autora: Alessandra Rocha
 
#Carregando os pacotes necessários#
library(sf)
library(tidyverse)
library(mapview)
 
#criando os objetos x e y#
x<-st_read("drive/pasta do computador/arquivo.shp")
y<-st_read("drive/pasta do computador/arquivo_de_coordenadas.shp")
 
#####Função#####
dist.costa<-function(x, #objeto contendo a camada vetorial linear de referência 
                     y, #objeto contendo a camada de coordenadas geográficas
                     nboot=1000 #número de simulações, por padrão será 1000 valores simulados
                     ) 
{ 
  #verificando parâmetros#
  if(class(x)!= c("sf", "data.frame") && class(y)!=c("sf", "data.frame"))
 
{stop("o vetor de dados não é da classe sf")} #verificando a classe dos objetos x e y que devem ser "sf" "data.frame"
 
  if(nboot<=0|as.integer(nboot)!=(nboot)) #verifica se o número de simulações indicado é um número inteiro maior que zero
 
    {
    nboot=1000
    warning("nboot deve ser um número inteiro e maior que zero,
            função rodou com o nboot padrão de 1000 simulações") #se o número em nboot não for inteiro e maior que zero, a função rodará com o número padrão de 1000 valores e mostrará essa mensagem de 'warning'
 
  }
  sn<-readline("quer visualizar o mapa? (s/n)") #pergunta ao usuário, no console, se quer visualizar o mapa ou não
 
  if(sn=="s")#se o usuário quiser visualizar o mapa, deverá digitar a letra "s" no console e a função irá prosseguir
  {  
  #início da função#
 
    w<-mapview(x, color="grey")+y} #gera o mapa
 
  x%>% st_transform(st_crs(5641)) #modifica o Datum do objeto x para UTM,sistema de coordenadas planas, para realizar o cálculo das distâncias em metros
 
  y%>% st_transform(st_crs(5641))#modifica o Datum do objeto y para UTM, sistema de coordenadas planas, para realizar o cálculo das distâncias em metros
 
  dist<- as.data.frame(st_distance(y,x)) #calcula as distâncias e cria um objeto com o data.frame das distâncias
 
  tab<-data.frame(y) #cria um data.frame da camada vetorial y (coordenadas geográficas)
 
  tab.dist<-data.frame(tab,dist) #junta o data.frame com as distâncias e o data.frame com as coordenadas
 
  media.dist<-mean(tab.dist$st_distance.y..x.) #calcula a média das distâncias calculadas 
 
  #preparando para o ciclo for() - bootstrap#
 
  nboot=nboot #atribui o objeto nboot com os valor do padrão ou o valor que o usuário escolher para a simulação do bootstrap
 
  boot.sim<-rep(NA, nboot) #cria um objeto com NAs, de mesmo comprimento que o nboot
 
  boot.sim[1]<-media.dist #coloca na posição 1 do objeto de valores NA, a média das distâncias calculada
 
  for(i in 2:nboot){ #cria um ciclo for() que começa na posição 2, pois na posição 1 já está a média das distâncias 
                      com comprimento nboot
 
    boot.sim[i]<-mean(sample(tab.dist$st_distance.y..x., replace=TRUE))#faz uma amostragem com reposição dos valores de distância encontrados e calcula a média desses valores
 
  }
 
  z<-hist(boot.sim) #gera um histograma com os valores de distância média simulados
 
  abline(v=boot.sim[1], lty=2, col="red") #coloca uma linha tracejada vermelha no histograma, indicando a média da distância dos valores reais
 
  q<-quantile(boot.sim, prob=c(0.05, 0.95)) #calcula os quantis para o intervalo de confiança de 95%
 
  #preparando os resultados da função#
 
  if(sn=="s"){ #se quiser o mapa 
 
    final<-list(tab.dist,z,q, w)} #o objeto 'final' do return conterá o mapa
 
  if(sn=="n"){ #se não quiser o mapa
 
    final<-list(tab.dist,z,q)} #o objeto 'final' do return não retornará o mapa
 
  return(final) #apresenta os resultados do cálculo de distâncias, o histograma de valores simulados com a média da distância de valores calculados e o valor de média dos dados, os quantis do intervalo de confiança do bootstrap e um mapa caso o usuário queira visualizar o mapa.
 
  ####fim da função####
}

Help função dist.costa

dist.costa       package:unkown            R Documentation
 
Cálculo da distância da costa a partir de coordenadas geográficas de interesse
 
Description:
 
Função para calcular distâncias euclideanas entre coordenadas geográficas e um shapefile (camada vetorial linear) de referência. As distânca são calculadas em metros.
A função fornece a opção de um mapa, representando methods/html/as.html">as coordenadas e o shapefile de referência. 
O mapa possui opções de 'layout' no menu do canto esquerdo. Um dataframe contendo methods/html/as.html">as distâncias calculadas é fornecido, assim como a média das distâncias e um histograma contendo valores simulados e o calculo do intervalo de confiança de 95%. A função é especialmente útil para usuários que desejam conhecer distâncias lineares, por exemplo, de pontos (coordenadas geográficas), tomando-se como referência uma linha de costa. 
 
Usage:
 
dist.costa (x,y, nboot=1000)
 
Arguments:
 
x : objeto da classe "sf" "data.frame"
y : objeto da classe "sf" "data.frame"
nboot=1000: número de simulação para o bootstrap com o padrão de 1000 valores simulados.
 
Details:
 
Para usar esta função, os pacotes "sf", "tidyverse" e "mapview" devem estar instalados e carregados. Para ler o shapefile, pode-se usar a função st_read (e.g. Examples). A ordem das variáveis faz diferença, 
sendo a primeira variável(x) o shapefile de referência para o cálculo da distância e a segunda variável (y), o shapefile contendo methods/html/as.html">as coordenadas geográficas
de interesse. O shapefile de referência (x) deve ser uma camada vetorial linear. A função funciona melhor na região da América Latina pois o código EPSG usado é o 5641.
É possível optar pela visualização do mapa ou não. Momentos após o usuário rodar a função, virá a pergunta sobre a visualização do mapa, que deve ser respondida com a letra 's' 
se deseja visualizar o mapa e com a letra 'n' se não deseja visualizar o mapa. A função retorna a distância média, representada por uma linha tracejada, dentro de um histograma de 'nboot' valores médios 
simulados e o intervalo de confiança de 95%, calculados por bootstrap.
 
Value:
 
Mapa de visualização contendo a camada com methods/html/as.html">as coordenadas geográficas de interesse e o shapefile de referência. 
 
Dataframe contendo methods/html/as.html">as distâncias calculadas em unidades métricas.
 
Histograma contendo a indicação (linha tracejada) da média dos valores das distâncias calculadas, os valores médios simulados de distância e o intervalo de confiança destes valores, calculados por bootstrap. 
 
Warning:
 
Se x e y não forem arquivos da classe "sf" "data.frame" a função não é executada.
 
O mapa só é gerado se o usuário quiser, clicando a letra "s" depois de se executar a função, no console. 
 
Se o valor escolhido para o nboot não for um número inteiro maior que zero, a função rodará com o número de simulações do padrão da função (1000 valores).
 
A função funciona melhor e tem bastante utilidade quando se usa uma camada vetorial linear como shapefile de referência.
 
Author(s):
 
Alessandra Rocha
email: emaildaalessandra@gmail.com
 
Examples
 
linha_costa<-st_read("C:/Users/R/linha_rs.shp")
pontos_n<-st_read("C:/Users/R/linha_rs.shp")
 
distancias<-dist.costa(linha_costa, pontos_n, nboot=2000) #se quiser 2000 valores simulados no bootstrap
 
distancias.1<-dista.costa(linha_costa, pontos_n) #se quer utilizar o número de simulações do padrão (1000 valores)

Link de arquivos para se utilizar como exemplo no help da função 'dist.costa': arquivos_exemplos_r.rar