====== Daniela Rodrigues Abras ====== {{:bie5782:01_curso_atual:alunos:trabalho_final:daniabras:rosto.jpg?direct&200|}} Bacharel em Biologia Marinha pelo IB-UFRJ. Mestranda em Oceanografia com ênfase em Oceanografia Biológica pelo IO-USP. Laboratório de Ecofisiologia de Organismos Marinhos do IO-USP. Título da dissertação: "Efeitos de parâmetros oceanográficos no timing migratório das baleias-jubarte entre Abrolhos e Mar da Scotia." [[.:exec]] {{:bie5782:01_curso_atual:alunos:trabalho_final:daniabras:exercício_1_-_dani_abras.txt|}} {{:bie5782:01_curso_atual:alunos:trabalho_final:daniabras:exercício_4.txt|}} {{:bie5782:01_curso_atual:alunos:trabalho_final:daniabras:exercício_5.txt|}} {{:bie5782:01_curso_atual:alunos:trabalho_final:daniabras:exercício_6.txt|}} {{:bie5782:01_curso_atual:alunos:trabalho_final:daniabras:exercício_7.txt|}} {{:bie5782:01_curso_atual:alunos:trabalho_final:daniabras:exercício_8.2.txt|}} ===== Proposta de Trabalho ===== ==== Contextualizando o problema ==== O fotoperíodo (duração do período de luz durante um dia) tem uma enorme importância para a fisiologia dos organismos, principalmente dos mamíferos. Estes animais apresentam ritmicidade em diversos processos biológicos, e o fotoperíodo é responsável por iniciar cascatas hormonais que darão início ou interromperão diversas funções fisiológicas, tais como reprodução, migração, hibernação, entre outras. As baleias-jubarte realizam grandes migrações anuais entre áreas de baixas latitudes, durante o inverno, com o intuito de reprodução, e áreas de altas latitudes, para a alimentação. Ainda não se sabe ao certo o mecanismo que inicia o deslocamento entre as áreas, mas suspeita-se que esteja relacionado com cascatas hormonais, tais como a liberação e interrupção de produção da melatonina pela glândula pineal, que são estimuladas pelo fotoperíodo. ==== Proposta A ==== Os dados de fotoperíodo são disponibilizados como horários de nascer e por do sol no local e data desejados. Ao longo do ano, as alterações em relação a estes horários são maiores, quanto maiores as latitudes. Portanto, a proposta inicial seria criar uma função que fizesse o cálculo de fotoperíodo (subtraindo a hora do por pelo nascer do sol) em todos os dias do ano, e realizando médias entre dias. Posteriormente, um gráfico seria criado para acompanhar a flutuação do fotoperíodo ao longo do ano, e verificar se há diferenças entre os anos amostrados, e em localidades diferentes. A função contaria com fatores dias do mês, médias de x dias, diferenças entre meses/anos, e plot da flutuação anual, que podem ser selecionadas de acordo com a necessidade do usuário. ==== Proposta B ==== Com finalidade de pesquisar a influência do fotoperíodo na migração das baleias-jubarte, a proposta seria criar uma função para correlacionar estes dados (encontrados na função anterior) com os de abundância das baleias ao redor do Arquipélago de Abrolhos, inserindo diferentes “time-lag´s” de 30, 45 e 60 dias. ==Comentários== Seu plano A é interessante, mas podia ser um pouco mais geral. O fotoperíodo é um dado importante não apenas para mamíferos, mas também para insetos (e provavelmente todos os grupos animais, em maior ou menor grau) e incrivelmente importante para as plantas! Logo uma função de cálculo de fotoperíodo tem o potencial de ser muito útil. Mas, porque se limitar a dados entre 1998 e 2004 e apenas duas localidades? E porque calcular as médias a cada três dias? Minha primeira sugestão é deixar a função mais geral. Permita que o usuário diga o intervalo de tempo para o qual ele quer as médias e os intervalos de tempo para fazer as comparações. Ele pode querer comparar um ano com o outro, ou um semestre com o outro. A função também deveria aceitar mais de uma localidade. Apenas seria bom deixar um pouco mais claro qual será o procedimento de comparação entre conjuntos de fotoperíodos. Você quer mostrar diferenças entre médias? DIferenças entre medianas? Vai fazer um teste estatístico? Qual teste? __//Danilo// Concordo com o Danilo, sobre tornar a proposta A mais geral. --- //[[adalardo@usp.br|Alexandre Adalardo de Oliveira]] 2013/03/24 11:43// Olá Danilo e Alê, fiz algumas alterações no texto para a proposta A ficar mais geral, e algumas das considerações do Danilo foram repensadadoss para a criação da função. Os testes estatísticos serão inseridos na função para comparação entre as médias dos dias, meses e anos, e entre localidades. Teste t será realizado para diferenças entre as médias. Obrigada pela ajuda. --- //[[daniabras@usp.br|Daniela Rodrigues Abras]] 2013/04/22 17:37// ===== Código da Função ===== photoperiod<-function(fp, Y, L) { #ABRIR TABELA/DATA SET COM OS DADOS fp<-read.csv("fp.csv", header=T, sep=";", dec=".") #ALTERAR A COLUNA DE SUNSET E SUNRISE PARA FATOR HORA fp$Sunrise<-as.POSIXct(fp$Sunrise, format="%H:%M") fp$Sunset<-as.POSIXct(fp$Sunset, format="%H:%M") #CALCULO DO FOTOPERÍODO EM CADA DIA DO ANO, SUBTRAI SUNSET – SUNRISE. fp$Fotop<-c(fp$Sunset-fp$Sunrise) #INSERIR RESULTADOS NA COLUNA PHOTOP DO DATA SET #ESCOLHER O ANO fpSet<- subset(fp, Ano=="Y", Local==”L”) #REALIZAR MÉDIA MENSAL meanmes<- aggregate(fpSet$Fotop,list(fpSet$Mes, fpSet$Ano), mean) meanlocal<-aggregate(fpSet$Fotop,list(fpSet$Mes, fpSet$Ano, fpSet$Local), mean) #REALIZAR TESTE T PARA DIFERENÇAS ENTRE AS MÉDIAS MENSAIS t.test.mes<-t.test(meanmes$x) return(t.test.mes) #REALIZAR TESTE T PARA DIFERENÇAS ENTRE AS MÉDIAS MENSAIS DAS DIFERENTES LOCALIDADES t.test.local<-t.test(meanlocal$x) return(t.test.local) #ABRIR JANELA DE PLOT X11() #PLOTAR A CURVA DE CADA ANO plot(Fotop~Dia.Juliano, fpSet) } ===== Help da Função ===== photoperiod package:nenhum R Documentation Valores da flutuação de fotoperíodo em um ano, em diferentes localidades. Description: Calcula valores de fotoperíodo a partir dos horários de nascer e por do sol (uma vez que esta é a forma em que estes dados estão disponíveis em websites) selecionando um ano, em uma ou mais localidades. Realiza diferenças entre as médias de meses e entre as localidades e plota gráficos de flutuações ao longo do ano. Usage: Photoperiodfunction(fp, Y, L) Arguments: fp: um data frame, com as seguintes informações, dispostas em colunas( Mes, Dia, Dia.Juliano, Ano, Sunset, Sunrise, Local) Y: fator ano selecionado para realizar a função, L: fator local desejado para realizar a função Details: Os dados devem estar organizados em tabelas de dias, meses, anos e localidade, organizadas em colunas corridas. A função aceita o formato de hora como "%H:%M", de acordo com a classe Class "POSIXlct" H:Hora, de 1-23 M:Minutos, de 1-60 Value: A partir das médias mensais e por localidades, será realizado o teste t Um plot com a flutuação dos valores ao longo do ano: x-axis: dia juliano y-axis: valores de fotoperíodo Warning: O resultado da subtração entre o por e o nascer do sol (fotoperíodo) será em forma numérica de decimais, com o número de horas e os minutos em partes/60. Para plotar a flutuação do fotoperíodo ao longo do ano, é necessário que os dias estejam alinhados com seus correspondentes em dias julianos (dia 1 a 365 ou 366, dependendo se o ano é bissexto). Author(s): Daniela Rodrigues Abras daniabras@usp.br References: Heldmaier, G.; Steinlechner, S.; Ruf, T.; Wiesinger, H.; Klingenspor, M. 1989. Photoperiod and thermoregulation in vertebrates: Body temperature rhythms and thermogenic acclimation. J. Biol. Rhythms, 4: 251–265 See Also: DateTimeClass, as.POSIXct, data.frame, subset, plot Examples: ## Lê o arquivo com dados de duas localidades fp<-read.csv("fp.csv", header=T, sep=";", dec=".") photoperiod(fp, 1998, SG) photoperiod(fp, 1999, Abrolhos) {{:bie5782:01_curso_atual:alunos:trabalho_final:daniabras:fp.csv|}}