====== Ananda Brito de Assis ======
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Atualmente doutoranda em Ecofisiologia pelo Instituto de Biociências(IB/USP). 
Investigo o papel do ambiente, e seus fatores, sobre aspectos ecofisiológicos 
da microbiota cutânea de anfíbios e algumas consequências das variações 
observadas para os indivíduos. Após uma exaustiva coleta de dados, estou em
busca de ferramentas que possam me auxilar durante análises subsequentes.


===== Exercícios=====


[[.:exec]]

===== Trabalho Final =====

**PROPOSTA “A”**
________________________________________________________________________
Fatores determinantes da densidade

Esta primeira função tem o objetivo indicar variáveis ambientais que se correlacionam com a densidade de espécies, procedentes de diferentes ambientes. Assim, a mesma teria como input a densidade de espécies e medidas de variáveis ambientais para cada indivíduo, com suas respectivas procedências. Como output, teria a detecção de correlações com suas respectivas representações gráficas. Desta maneira, seria possível detectar de maneira elucidativa em quais grupos de indivíduos a densidade está correlacionada às mudanças em variáveis abióticas.

**PROPOSTA “B”**
_____________________________________________________________________________
Similaridades entre comunidades

Esta proposta visa determinar a similaridade entre comunidades procedentes de diferentes ambientes, locais ou tratamentos experimentais, em termos de suas composições de espécies. A função terá como input as composições das comunidades de diferentes procedências. O output será uma matriz com índices de similaridades para duas ou mais comunidades. Assim, seria possível verificar, por exemplo, o quão similares estão as comunidades, em termos de suas composições, em diversos hábitats, por exemplo. 


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=== Comentários ===


A proposta A está muito vaga. Você listou quatro perguntas diferentes, mas como a sua função vai poder te ajudar a respondê-las? Também acho que essa proposta está muito voltada para uma única tarefa.  A idéia de criar uma função em R é escrever um código que possa ser aproveitado em diversas situações: ou por você mesma, mais vezes, ou por outros pesquisadores com problemas semelhantes. Tente repensar essas propostas pra algo mais abstrato: "se um pesquisador tiver uma lista de pontos com tais e tais características, e quiser saber uma resposta com tal e tal cara, minha função vai fazer isso e aquilo..."

A proposta B parece interessante, mas precisa ser mais desenvolvida. De novo, pense como outro pesquisador poderia utilizar a sua função. Se eu der dois conjuntos de espécies, é fácil responder se um é ou não subconjunto do outro; mas tem coisas interessantes que dá pra analisar se eu puder fornecer pra essa função vários conjuntos de espécies?

 --- //[[andrechalom@gmail.com|Andre Chalom]] 2013/03/18 20:14//

Ananda: faça as modificações que o Chalom sugere na proposta B e submeta antes de iniciar o trabalho. Ter uma proposta mais clara vai facilitar seu trabalho depois. Poste a proposta diretamente nessa página e não em um arquivo. Veja as proposta que indicamos no forum http://bie5782.138098.n3.nabble.com/Exemplos-de-Projeto-td4025466.html 


Mais comentários! A proposta B ficou bem mais clara agora. Ainda precisa deixar isso mais genérico. Troque "espécies bacterianas" por "espécies" e "pele de anfíbios", "água", etc por "ambientes". Pense em como outras pessoas depois de você poderiam usar essa funćão. Também tente deixar claro como, exatamente, deve ser a entrada e a saída da funćão. 
 --- //[[andrechalom@gmail.com|Andre Chalom]] 2013/04/09 13:45//

== Código - Proposta "B" ==


<code>
simil.com<-function(minha.tabela)
{
  minha.tabela<-table(tabela[,2], tabela[,1])
  lin<-length(minha.tabela)
  col<-ncol(minha.tabela)
  mat.qs<-matrix(NA,nrow=col, ncol=col)
  for(i in 1:col)
  {
    for(j in 1:col)
    {
      amb.1<-sum(minha.tabela[,i]>0)
      amb.2<-sum(minha.tabela[,j]>0)
      inter<-sum(minha.tabela[,i]>0 & minha.tabela[,j]>0)  
      mat.qs[i,j]<-2*inter/(amb.1+amb.2)  
    }
  }
  return(mat.qs)
}
</code>


== Help ==


<code>
simil.com               package:unknown                R Documentation

Matriz de Índices de similaridades.
  
Description:
 
A partir de uma lista de espécies e seus respectivos locais de ocorrência, é possível obter uma matriz com índices de similaridade para comparar
duas ou mais comunidades, em termos de suas composições.

  
Usage:
  
simil.com (x)

  
Arguments:
  
x     uma tabela com uma lista de espécies e seus respectivos locais de ocorrência, tipos de ambiente ou tratamentos experimentais.

  
Details:
  
ɉ importante que a tabela com os dados a serem utilizados nesta análise esteja no formato .csv(separado por vírgula).
Esta tabela deve ser lida no mesmo script, antes de rodar a função.
Serão retornados índices de Sorensen que expressam a similaridade entre as composições das comunidades estudadas.

  
Value:
  
Matriz com índices de Sorensen para comparação das composições de duas ou várias comunidades.


Author:
  
Ananda Brito de Assis
ananda_wu@yahoo.com.br
  
References:
  
Brower & Zar (1984) Field & laboratory methods for general ecology. W.C. Brown Publishers. Dubuque, Iowa. 2ºed. 226p.

  
Examples:

simil.com(tabela)
</code>