====== Curso IBUSP - 2022 ====== * Em **2022** o curso será oferecido remotamente com previsão para o período de //__06 a 27 de junho__//. * Se está matriculado na discipina deve fazer as [[01_curso_atual:pre_curso|]] antes do inicio do curso. * Veja informações sobre [[:start#matricula|matricula]] antes de consultar os professores. * O vídeo abaixo descreve como foi o esquema da disciplina remota em 2020. Este ano a disciplina ainda será remota e iremos seguir, em parte, esse mesmo esquema. Assista para ter uma ideia de como se dará. {{ youtube>QJuv1W22Rdk |}} ---- O período de aula em 2022 é entre os dias 06 a 27 de junho ---- O fórum **Nabble** foi desativado e não iremmos mais usá-lo. Para a turma de 2022 utilizaremos o fórum do moodle oficial da USP (e-disciplinas) ---- O notar mudou para http://notar.ib.usp.br Bem vindo(a). Aqui você encontrará a programação e material sobre a disciplina oferecida pela programa de Pós-Graduação em Ecologia do Instituto de Biociências da Universidade de São Paulo. ===== Versão Não Presencial ===== Devido as restrições impostas pela Covid-19, desde 2020 o curso ofical do IBUSP é oferecido de forma remota, sem atividades presenciais. O curso contará com atividades síncronas e assíncronas. Para cada um dos tópicos do curso, iremos ter as seguinte sequência de atividades: * 1. **Aula introdutória:** encontro com aula síncrona introduzindo o tópico ou parte dele. * 2. **Tutorial**: roteiro autoexplicativo com atividades associadas ao tema, acompanhado de videoaulas de 30'. Essa atividade será assistida pelos monitores e professores em um esquema de revezamento, tanto pelo __Google Meet__ quanto pelo [[https://edisciplinas.usp.br/course/view.php?id=100204|fórum da disciplina]] no moodle do e-disciplinas. * 3. **Apostila online**: material complementar ao tópico que deve ser lido e exercitado. Fazer as atividades da apostila ajuda muito na fixação e complementação da linguagem. * 4. **Exercícios**: exercícios que serão submetidos à plataforma [[http://notar.ib.usp.br|notaR]], uma sistema de correção automática de exercícios e gerenciamento de notas, criado para esta disciplina. * 5. **Discussão síncrona** : atividade de duração de cerca de uma horas e meia no __Google Meet__, mediada pela equipe da disciplina, para tirar dúvidas gerais e fazer um fechamento do tema tratado. **__Atividades Preparatórias__** \\ Faça as [[pre_curso|]] até antes do início das aulas **__Matricula__** Veja informações em: [[:start#matricula|matricula]]. ===== Informações Gerais ===== Disciplina oferecida pelo Programa de Pós-Graduação em Ecologia da Universidade de São Paulo ==== Professor Responsável ==== * [[http://ecologia.ib.usp.br/labtrop|Alexandre Adalardo de Oliveira]], Lab. Ecologia de Florestas Tropicais //LABTROP// - IBUSP (adalardo@usp.br) ==== Professores Colaboradores ==== * [[http://ecologia.ib.usp.br/let/doku.php?id=prado:start|Paulo Inácio K. L. Prado]], Laboratório de Ecologia Teórica -IBUSP (prado@ib.usp.br) === Colaboração === * Andre Chalom (notaR) * Mali Salles (notaR) === Monitores === * Luisa Truffi * Irina Lerner * Rafael Melhem * Marcel Amaral * JP Alencar * Danilo Mori * Vitor Rios * Pamela Santana /* - Bruna Cassettari - Débora Brandt - Diogo Melo - Eduarda Romanini - Felipe Campos - Gustavo Ballen - Jennifer Auler - Julia Barreto - Lucas Nascimento - Lucas Freitas - Lucas Roedel - Lucas Camacho - Pamela Santana - Rafael Melhem - Renan Del Bel - Vitor Aguiar - Vitor Rios - Vinicius Montagner */ ==== Período e Horários==== * Disciplina condensada programada para o período de ** 06 de setembro a 27 de junho de 2022**. * Aulas teóricas síncronas, segundas, quartas e sextas pelas manhãs, 9:00-10:30h e pelas tardes das 16:00- 17:30h. * Aulas assíncronas com vídeo aulas, tutoriais e exercícios práticos: segundas, quartas e sextas 10:30-16:00 horas, com atendimento online pelo meet. * Atendimento //assíncrono// pelo [[https://edisciplinas.usp.br/mod/googlemeet/view.php?id=4251776|forum]] terças e quintas, 9:00-18:00 horas. ==== Locais das aulas ==== * Aulas e atendimento síncronos: Google Meet * Aulas e atendimento assíncronos: wiki e [[https://edisciplinas.usp.br/mod/googlemeet/view.php?id=4251776/|fórum]] da disciplina /* === Links para as aulas === [[01_curso_atual:grupos_de_aula|]] Veja [[http://www.ib.usp.br/o-instituto/como-chegar.html| como chegar]]. **Traga um //notebook// com o R instalado** veja as [[http://ecologia.ib.usp.br/:cursos:ecor/doku.php?id=01_curso_atual:pre_curso|atividades preparatórias]]. Para os alunos de fora da USP que não tem senha de acesso à USPNet informe-se com um dos monitores. veja: [[uspnet2014|uspnet no minas]] */ ===== Programação ===== * Faça as [[pre_curso|Atividades Preparatórias]] antes do primeiro dia de aula. * A disciplina consiste de aulas teóricas às segundas, quartas e sextas, seguidas de tutoriais e exercícios com o apoio dos monitores. * Espera-se que as terças e quintas estejam reservadas para estudo. Nesses dias os professores e monitores acompanham as dúvidas dos alunos pelo [[https://edisciplinas.usp.br/mod/googlemeet/view.php?id=4251776|Forum online]]. ^Primeira Semana^^^^^ ^ Data ^Período ^ Local ^ Assunto ^Instrutor(es)^ |01-05/06 |livre | livre |[[01_curso_atual:pre_curso|Atividades Preparatórias]] | DIY | |06/06 |9:00-10:30| Google Meet | Introdução ao curso & Dúvidas das atividades preparatórias | Alexandre | |06/06 |11:00-16:00 |Fórum |[[:02_tutoriais:tutorial2:start|Tutorial de Funções Matemáticas]] |Equipe | |06/06 |16:00-17:30 | Google Meet |Fechamento Funções Matemáticas | Equipe| |08/06 |09:00-10:30| Google Meet | [[:02_tutoriais:tutorial3:start|Aula Leitura e Manipulação de Dados]] | Alexandre| |08/06 |11:00-16:00 |Forum | [[:02_tutoriais:tutorial3:start|Tutorial Leitura e Manipulação de Dados]] |Equipe | |08/06 |16:00-17:30| Google Meet | Fechamento Leitura e Manipulação de dados| Equipe | |10/06 |09:00-10:30| Fórum |[[:02_tutoriais:tutorial4:start|Tutorial Tutorial Análise Exploratória de Dados]] | Equipe | |10/06 |11:00-16:00 |Google Meet | [[:02_tutoriais:tutorial4:start| Discussão Tutorial AED]] | Equipe | |10/06 |16:00-17:30| Google Meet | Fechamento Análise Exploratória de Dados| Equipe | ^Segunda Semana^^^^^ ^ Data ^Período ^ Local ^ Assunto ^Instrutor(es)^ |13/06 |9:00-10:00 |Fórum |[[:02_tutoriais:tutorial5:start|Tutorial de Gráficos I]] |Equipe | |13/06 |10:30-12:00| Google Meet | [[:02_tutoriais:tutorial5:start|Aula Gráficos I]] |Alexandre | |13/06 |13:30-16:00| Google Meet | [[:02_tutoriais:tutorial5:start|Plantão Gráficos I]] |Equipe | |13/06 |16:00-17:30 | Google Meet |Fechamento Gráficos I | Equipe| |15/06 |09:00-10:30 |Forum | [[:02_tutoriais:tutorial5b:start|Tutorial Gráficos II]] |Equipe | |15/06 |10:30-12:00| Google Meet | [[:02_tutoriais:tutorial5b:start| Aula Gráficos II]] |Alexandre | |15/06 |13:30-16:00| Google Meet | [[:02_tutoriais:tutorial5b:start| Plantão Gráficos II]] |Equipe | |15/06 |16:00-17:30| Google Meet | Fechamento Gráficos| Equipe | ^Terceira Semana^^^^^ ^ Data ^Período ^ Local ^ Assunto ^Instrutor(es)^ |20/06 |09:00-10:30 |Forum | [[:02_tutoriais:tutorial6:start| Tutorial Teste de Significância]] |Equipe | |20/06 |010:30-12:00|Google Meet |[[:02_tutoriais:tutorial6:start|Aula Teste de Significância]] | Alexandre | |20/06 |13:30-16:00|Google Meet |[[:02_tutoriais:tutorial6:start|Plantão Teste de Significância]] | Equipe | |20/06 |16:00-17:30| Google Meet |Fechamento Teste de Significância| Equipe | |22/06 |9:00-10:30 |Fórum | [[:02_tutoriais:tutorial7:start|Tutorial de Modelos Lineares]] |Equipe | |22/06 |10:30-12:00| Google Meet |[[:02_tutoriais:tutorial7:start| Aula de Modelos Lineares]] |Alexandre | |22/06 |13:30-16:00| Google Meet |[[:02_tutoriais:tutorial7:start| Plantão de Modelos Lineares]] |Equipe | |22/06 |16:00-17:30 | Google Meet |Fechamento Modelos Lineares | Equipe| |24/06 |9:00-10:30 |Fórum | [[:02_tutoriais:tutorial9:start|Tutorial Reamostragem]] |Equipe | |24/06 |10:30-12:00|Google Meet |[[:02_tutoriais:tutorial9:start|Aula Reamostragem]] | Alexandre | |24/06 |13:30-16:00|Google Meet |[[:02_tutoriais:tutorial9:start|Plantão Reamostragem]] | Equipe | |24/06 |16:00-17:30| Google Meet | Fechamento Reamostragem| Equipe | ^Quarta Semana^^^^^ ^ Data ^Período ^ Local ^ Assunto ^Instrutor(es)^ |27/06 |09:00-10:30| Fórum |[[:02_tutoriais:tutorial8:start| Tutorial Funções]] | Equipe | |27/06 |10:30-12:00|Google Meet |[[:02_tutoriais:tutorial8:start|Aula Funções]] | Alexandre | |27/06 |13:30-16:00| Google Meet |[[:02_tutoriais:tutorial8:start|Plantão Funções]] | Equipe | |27/06 |16:00-17:30| Google Meet | Fechamento Curso| Equipe | /* ^Quarta Semana^^^^^ ^ Data ^Período ^ Local ^ Assunto ^Instrutor(es)^ |13/05 |9:00-10:30| Auditório 2 |Filosofia e histórico da linguagem R |Professores| |13/05 |11:00-12:30| Auditório 2I | Introdução à linguagem R |Equipe| |13/05 |14:00-15:30|Anatomia |Tira Dúvidas das atividades preparatórias |Professores e monitores | |13/05 |16:00-18:00 |Sala multimídia CD |Tutorial de Funções Matemáticas | Equipe | |14/05 |9:00-18:00 |Forum //online// |Plantão funções Matemáticas | Monitores & Professores| |16/05 |9:00-10:30| Auditório 2|Dúvidas Funções Matemáticas |Professores | |16/05 |11:00-12:30| Auditório 2 | Leitura e Manipulação de Dados |Equipe | |16/05 |14:00-18:00 |Sala multimídia CD |Tutorial Manipulação de Dado |Monitores | |17/05 |9:00-12:30| AG Zoologia |Análise Exploratória de Dados| Professores | |17/05 |14:00-16:00| Sala multimídia CD | Tutorial Análise Exploratória de Dados | Monitores & Professores | ^Segunda Semana^^^^^ |20/05 |9:00-9:30| Auditório 2|Tira Dúvidas |Professores | |20/05 |9:30-12:30|Auditório 2|Gráficos|Equipe| |20/05 |14:00-18:00 |Anatomia - Multimídea 2 |Tutorial Gráficos |Monitores | |22/05 |9:00-12:30|Auditório 2 |Teste de Hipótese |Alexandre| |22/05 |14:00-18:00 |Sala multimídia CD |Teste de Hipótese |Monitores | |24/05 |9:00-9:30| AG - Zoologia |Tira Dúvidas Teste de Hipótese |Professores | |24/05 |9:30-12:30| AG - Zoologia | Regressão Linear |Alexandre| |24/05 |14:00-18:00 |Sala multimídia CD |Tutorial Regressão Linear |Monitores | ^Terceira Semana^^^^^ |27/05 |9:00-12:30|Auditório 2 |Regressão Linear II |Professores | |27/05 |14:00-18:00 | Anatomia - Multimídia II |Tutorial Regressão Linear II |Monitores | |29/05 |9:00-12:30|Auditório 2|Simulação e Permutação |Alexandre| |29/05 |14:00-18:00 |Anatomia - Multimídia II |tutorial Simulação e Permutação |Professores | |31/05 |9:00-12:30|AG da Zoologia|Noções de Programação em Linguagem R: construção de funções simples |Professores| |31/05 |14:00- 18:00 |Sala multimídia CD |Tutorial Programação |Monitores | */ ===== Bibliografia Básica===== A quantidade de material disponível sobre programação em R é muito extensa. Aqui apresentamos uma compilação da documentação oficial que consideramos mais importante e algumas fontes que avaliamos ser mais interessante. Para os que acompanham cursos online, indicamos o curso de [[https://www.coursera.org/course/rprog|programação em R]] no Coursera oferecido pela [[https://www.coursera.org/jhu|Johns Hopkins University]]. ==== Livros ==== **William N. Venables and Brian D. Ripley. Modern Applied Statistics with S. Fourth Edition. Springer, New York, 2002.** Conhecido na comunidade R como //"The Book"//, é a referência básica do usuário, mas é preciso alguma experiência para aproveitá-lo bem. Seu pacote companheiro é o ''MASS''((este e os demais pacotes citados aqui estão disponíveis no CRAN)), que faz parte da instalação básica do R. Visite o [[http://www.stats.ox.ac.uk/pub/MASS4/|site]] do livro para atualizações, exercícios e muito mais. **John Fox. An R and S-Plus Companion to Applied Regression. Sage Publications, Thousand Oaks, CA, USA, 2002.** Excelente livro sobre regressão linear, e uma ótima introdução à construção de modelos no R. O pacote companheiro, ''car'', tem ótimas funções para diagnóstico de regressões. Visite também o [[http://socserv.socsci.mcmaster.ca/jfox/Books/Companion/index.html|site]] do livro. **John Verzani. Using R for Introductory Statistics. Chapman & Hall/CRC, Boca Raton, FL, 2005.** Derivado de manual [[http://www.math.csi.cuny.edu/Statistics/R/simpleR/printable/simpleR.pdf|disponível gratuitamente]] no site do autor, esta é uma das melhores introduções à linguagem para principiantes. Muito didático e com ótimos exercícios. Veja também o [[http://wiener.math.csi.cuny.edu/UsingR/|site]] do livro, e o pacote **usingR**. **Crawley, M. J. The R Book. Wiley, New York, 2007.** Um livro muito completo e feito por um ecólogo, para ensinar estatística e a linguagem. Referência obrigatória para pessoas da área de biologia, principalmente de ecologia. Veja também o [[http://www.bio.ic.ac.uk/research/mjcraw/therbook/index.htm/|site]] do livro. ==== Documentação On Line ==== **NOTA:** Selecionamos aqui três manuais on-line que nos parecem boas introduções. Há muito mais na seção [[http://cran.r-project.org/other-docs.html|Contributed Documentation]] do site do R. **Venables, W.; Smith, D.M; & R Development Team ** [[http://cran.r-project.org/doc/manuals/R-intro.pdf|An Introduction to R. Manual online]]. Manual oficial de introdução ao R. **Carlos Alzola and Frank E. Harrell [[http://cran.r-project.org/doc/contrib/Alzola+Harrell-Hmisc-Design-Intro.pdf|An Introduction to S and the Hmisc and Design Libraries]]” ** O Pacote Hmisc veio do S-Plus, e tem várias funções muito úteis para manipulação e análise exploratória de dados. O manual é extenso e é uma referência muito completa sobre a linguagem S. **Petra Kuhnert and Bill Venables [[http://cran.r-project.org/doc/contrib/Kuhnert+Venables-R_Course_Notes.zip|An Introduction to R: Software for Statistical Modelling & Computing]].** Apostila de 360 páginas de curso de Introdução ao R, além dos scripts de aula e conjuntos de dados. ==== Veja também ==== Duas dicas do monitor Vitor Rios: * [[http://www.computerworld.com/article/2497143/business-intelligence-beginner-s-guide-to-r-introduction.html?null| Beginner's guide to R]] - uma breve introdução sobre a linguagem publicada na revista online //ComputerWorld//. Um guia compacto sobre tópicos básicos. *[[http://adv-r.had.co.nz| Advanced R]]. Compilação online do livro de mesmo nome de autoria de Hadley Wickham. Descrição do publico alvo, pelo autor: //"The book is designed primarily for R users who want to improve their programming skills and understanding of the language."// ==== Outros Recursos ==== * [[https://swirlstats.com/|swiRl]]: pacote com curso interativo no próprio console do R. * **//[[https://cran.r-project.org/web/views/|Taskviews]]//**: são listas comentadas dos pacotes do R para uma certa área ou tema, mantidas no [[http://cran.r-project.org/mirrors.html|CRAN]]((Comprehensive R Archive Network, repositório oficial dos programas e pacotes do R)). Para nossa área, p.ex, há os //views// //Environmetrics//, //Multivariate//, //Genetics//, //Spatial//. Todo espelho de [[http://cran.r-project.org/mirrors.html|CRAN]] mantém uma cópia dos //taskviews//. Para o espelho da FMV-USP o link é [[http://www.vps.fmvz.usp.br/CRAN/web/views/]]. * [[http://journal.r-project.org/|The R Journal]]: periódico mantido pelo R Project, onde são publicados artigos sobre novos pacotes, dicas para programadores e usuários, e uso do R nas mais variadas aplicações estatísticas. * [[http://www.jstatsoft.org|Journal of Statistical Software]]: tem sido o principal veículo sobre análises e novos pacotes no R. Muitos dos principais pacotes usados em ecologia e biologia têm artigos com exemplos de aplicação neste periódico. Há fascículos especiais, incluindo um sobre [[http://www.jstatsoft.org/v22|uso do R em ecologia]], e outro sobre [[http://www.jstatsoft.org/v24|análises de redes]] (com ênfase para dados de ciências sociais). * [[http://www.statmethods.net/index.html|Quick R]], de Rob Kabakoff: um guia rápido //on line// muito bem organizado e fácil de consultar. Foi criado para facilitar a migração de usuários de outros pacotes, mas é um recurso de consulta rápida útil para todos. * [[http://en.wikibooks.org/wiki/R_Programming|The R Wikibook]]: manual muito completo na coleção de [[http://en.wikibooks.org/wiki/Main_Page|Wiki Books]].