====== Julia Silva Beneti ====== {{:bie5782:01_curso_atual:alunos:trabalho_final:jbeneti:30577_128342500510472_100000041671490_347638_4320952_a.jpg?100|}} Aluna de doutorado da Pós-graduação em Zoologia do IBUSP Orientador: Prof. Dr. André Carrara Morandini Projeto: Delimitação de espécies de anêmonas-do-mar (Actiniaria, Cnidaria) com base em caracteres morfológicos e moleculares, utilizando como modelo espécies da costa brasileira. ===== Exercícios ===== {{:bie5782:01_curso_atual:alunos:trabalho_final:jbeneti:exercicio1.r|}} {{:bie5782:01_curso_atual:alunos:trabalho_final:jbeneti:exercicio2.r|}} {{:bie5782:01_curso_atual:alunos:trabalho_final:jbeneti:exercicio3.r|}} {{:bie5782:01_curso_atual:alunos:trabalho_final:jbeneti:exercicio4.r|}} {{:bie5782:01_curso_atual:alunos:trabalho_final:jbeneti:exercicio5.r|}} {{:bie5782:01_curso_atual:alunos:trabalho_final:jbeneti:exercicio6_f.r|}} {{:bie5782:01_curso_atual:alunos:trabalho_final:jbeneti:exercicio7.r|}} {{:bie5782:01_curso_atual:alunos:trabalho_final:jbeneti:exercicio9.r|}} ===== Trabalho Final ===== Os tipos e tamanhos dos nematocistos encontrados nas diferentes regiões do pólipo (tentáculos, coluna, mesentérios, etc) de uma espécie de anêmona-do-mar é uma das características utilizadas para diferenciar espécies dentro de um mesmo gênero. Para a análise de tamanho dos nematocistos, em geral, mede-se a largura e o comprimento de trinta cápsulas de nematocisto de pelo menos três pólipos (indivíduos) diferentes. A minha intenção é criar um código que permita que eu realize, simultaneamente, a comparação dos tamanhos dos nematocistos dos tentáculos de: 1-Indivíduos de uma mesma espécie e mesma população 2-Indivíduos de uma mesma espécie de populações diferentes 3-Indivíduos de espécies diferentes (de um mesmo gênero) Pretendo realizar algum teste que me retorne um índice dessa diferença entre espécies/populações/indivíduos e uma representação gráfica. ==== Plano A ==== O plano A é inserir os dados de todos os tipos de nematocistos dos tentáculos em um mesmo código. Obs: As espécies podem ter de dois a cinco tipos de nematocistos nos tentáculos. Espécies-“irmãs” não têm necessariamente todos os tipos iguais, mas sempre há pelo menos dois tipos coincidentes. ==== Plano B ==== O plano B é inserir dados de apenas um tipo de nematocisto que ocorra em todos os indivíduos analisados. ====Comentários==== ===PI=== A ideia geral é adequada, mas antes de começar defina claramente entrada e saída da sua função (seções 'arguments' e 'value' da página de ajuda). Para o plano A, sugiro garantir primeiro uma função que gere diferentes formas de comparação gráfica. Isso não exclui exploração numérica com índices simples. Se depois de concluir esta etapa ainda tiver tempo, passe aos testes. Não entendi a diferença entre os dois planos. Quando vc diz inserir os dados no código significa os valores que serão a entrada da função? Neste caso a diferença seria se função usaria um ou todos os tipos de nematocistos, certo? Neste caso começaria com o mais simples, que é um tipo só. Depois de criar esta função, se tiver tempo vc poderá generalizá-la para aceitar mais de um tipo. è sempre mais fácil criar uma função simples e depois complicá-la. ===Resposta=== Tentei fazer o plano A, e consegui montar um script pra análise simultânea de diversos tipos de cnidas. No entanto, não consegui transformar isso numa função! Por isso, acabei optando por postar como trabalho final o plano B mesmo. ==== Código da Função ==== Cnida.plot <- function(x,...) { x[,1] <- as.factor(x[,1]) #Transformando Especie em fator x[,2] <- as.factor(x[,2]) #Transformando Local em fator Area<-x[,3]*x[,4]*pi x<-cbind(x,Area) #Criando a coluna Área x11() par(mfrow=c(1,2)) #Dois gráficos em outro dispositivo tela lim.x<-range(x[,3]) #criando o objeto "range" para gerar os eixos x e y do "plot" lim.y<-range(x[,4]) plot(x[,4]~x[,3], subset=x[,2]==levels(x[,2] )[1], xlab="Comprimento (µm2)", ylab="Largura (µm2)", col=1, xlim=(lim.x), ylim=(lim.y)) #plot de comprimento x largura das cnidas do 1o "local" do gráfico. for(i in 2:length(levels(x[,2]))){ points(x[,4]~x[,3], subset=x[,2]==levels(x[,2])[i], col=i) } #plot de comprimento x largura das cnidas dos demais locais. boxplot(x[,5]~x[,2],data=x, xlab="Local de coleta", ylab="Área da Cnida (µm2)") #boxplot da área das cnidas por local media.local=tapply(X=x[,5],INDEX=x[,2],FUN=mean) a<-cat("\n\n\n\ Média da área (em µm2) das cnidas em cada local \n\t ", sep=" ") return(media.local) } Cnida.plot(x) {{:bie5782:01_curso_atual:alunos:trabalho_final:jbeneti:cnida_plot.r|}} ==== Página de ajuda ==== Cnida.plot package:nenhum R Documentation Análise exploratória de dimensões de Cnidas Description: Utilizando informações de comprimento e largura de um tipo de cnida de qualquer grupo de cnidários provenientes de diferentes populações e/ou espécies, geram-se dois gráficos para observação dos dados coletados: 1) um gráfico de dispersão relacionando o comprimento e a largura das cnidas; 2) um boxplot com a área das cnidas de cada local. Usage: Cnida.plot(x) Arguments: x: tabela de dados inserida como data.frame Details: O arquivo de dados deverá ser organizado em quatro colunas com as seguintes informações: Nome da espécie, Local de coleta, Comprimento da cnida e Largura da cnida. Esta sequência deve ser mantida, mas o nome das colunas pode variar. Value: Retorna: um gráfico de dispersão com os valores de comprimento/largura das cnidas de cada local de coleta em uma cor diferente;e um boxplot da área das cnidas para cada local de coleta. Warning: Caso duas espécies diferentes tenham sido coletados em um mesmo local, é necessário diferenciar os nomes do local de coleta. Exemplo: Espécie - Bunodosoma caissarum, Local de Coleta - Sao Sebastiao 1 Espécie - Bunodosoma cangicum, Local de Coleta - Sao Sebastiao 2 Se isso não for feito, as espécies do mesmo local terão seus valores plotados com a mesma cor no gráfico de dispersão (1o gráfico) e aparecerão no mesmo boxplot (2o gráfico). Author(s): Julia Silva Beneti Laboratório de Cultivo e Estudos em Cnidaria Departamento de Zoologoa, Instituto de Biociências da Universidade de São Paulo contato:jbeneti@yahoo.com.br References; Acuña, F. H.; Excoffon, A. C.; Zamponi, M. O. & Ricci, L. 2003. Importance of nematocysts in taxonomy of acontiarian sea anemones (Cnidaria, Actiniaria): a statistical comparative study. Zoologischer Anzeiger 242: 75 – 81. {{:bie5782:01_curso_atual:alunos:trabalho_final:jbeneti:help_cnida_plot.r|}}