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====== Daniel Varajão de Latorre ======

 


Iniciação em ecologia. Efeito da área na diversificação de grupos tropicais.

===== Exercícios =====

 Link para os [[.:exec]]

===== Proposta Final =====

=== Plano A ===

Fazer uma função que calcula as distancias dos nós até o topo de uma filogenia que inclua espécies viventes e extintas. Existente uma função chamada branching.times() do pacote "ape" que realiza essa tarefa para filogenias que contenham apenas espécies viventes. Porém essa função retorna valores que precisam ser corrigidos quando aplicada a uma filogenia que contenha espécies extintas.



=== Plano B ===

Fazer uma função que recebe como entrada os registros de quando uma espécie fóssil foi encontrada e calcular uma estimativa da diversidade "boundary-crossing". Isso é, uma taxa de diversidade que pode ser calculada para cada periodo geológico. Essa função pediria como entrada uma lista com os registros de quando cada espécie foi encontrada e retornaria um valor de diversidade para cada mudança de periodo geológico. O grau de detalhamento do periodo geológico deve ser informado na chamada da função. Dentro da função haverá uma "tabela" com os tempos geológicos.

=== Comentários ===
Olá Daniel, 

Se vc. já conhece o pacote APE e já domina a função branching.times() é factível modificá-la. Precisa definir bem a entrada de dados, o tipo de arquivo, se os taxa extintos entram em um objeto separado... etc.
Nesse sentido, o Plano B me parece melhor  estruturado e, ao menos para mim, mais interessante....

 --- //[[adalardo@usp.br|Alexandre Adalardo de Oliveira]] 2012/04/03 21:25// 


===== Página de Ajuda =====
<code>

branching.times.with.extinct                package:unknown                R Documentation

	Cálculo dos tempos de especiação de uma filogenia com espécies extintas

Descrição:

     Essa função computa os tempos de especiação de uma filogenia com espécies viventes e extintas. Isso significa, a distancia entre cada nó e o tempo presente.  

Usage:

     branching.times.with.extinct(phy)

Arguments:

	phy	um objeto no formato phylo

Valores:

     Um vetor com os valores entre cada nó e o tempo presente. Se o objeto phy possui um elemento node.label este será usado para nomear o vetor retornado. Caso contrário os nomes são tirados do elemento edge do objeto phy.

Observações:
	
	A função branching.times.with.extinct é uma modificação da função branching.times do pacote ape.
	A seguir está o código da função original. A linha indicada por "ERRO!" corresponde ao trecho da função que foi alterado.
	
# branching.times<-function (phy) 
# {
#     if (!inherits(phy, "phylo")) 
#         stop("object \"phy\" is not of class \"phylo\"")
#     n <- length(phy$tip.label)
#     N <- dim(phy$edge)[1]
#     xx <- numeric(phy$Nnode)
#     interns <- which(phy$edge[, 2] > n)
#     for (i in interns) xx[phy$edge[i, 2] - n] <- xx[phy$edge[i,1] - n] + phy$edge.length[i]
#     depth <- xx[phy$edge[N, 1] - n] + phy$edge.length[N]      #####ERRO!
#     xx <- depth - xx
#     names(xx) <- if (is.null(phy$node.label)) 
#         (n + 1):(n + phy$Nnode)
#     else phy$node.label
#     xx
# }

	A linha indicada por "ERRO!" tem como objetivo calcular o tempo total da filogenia. No entanto quando a filogenia apresenta espécies extintas esse calculo deve ser feito de outra maneira.
	A solução proposta na função branching.times.with.extinct leva em consideração o tempo de todos os táxons terminais em relação ao nó mais basal da árvore. O tempo usado pela nova função é o valor máximo calculado.
	
Author(s):

     Emmanuel Paradis - autor da função original branching.times
     Daniel Varajão de Latorre - autor das modificações presentes


Examples:

library(ape)
phy<-rlineage(1, 0.6, 2)
phy
par(mfrow=c(2,1))
plot(phy)
axisPhylo()
branc<-branching.times.with.extinct(phy)
plot(phy)
axisPhylo()
for(i in 1:length(branc))
    lines(x=c(2-branc[i], 2-branc[i]), y=c(-1000, 1000), col="red")
</code>

===== Código da Função =====
<code>

branching.times.with.extinct<-function(phy)
{
    n <- length(phy$tip.label)
    N <- dim(phy$edge)[1]
    xx <- numeric(phy$Nnode)
    interns <- which(phy$edge[, 2] > n)
    for (i in interns)
        xx[phy$edge[i, 2] - n] <- xx[phy$edge[i,1] - n] + phy$edge.length[i]
    ##parte nova, novo algoritimo para calcular qual o tempo maximo da arvore
    ntip<-Ntip(phy)
    sum<-numeric(ntip)
    index<-numeric()
    x<-numeric()
    for(i in 1:ntip)
    {
        node<-i
        while(node!=ntip+1)
        {
            index<-which(phy$edge[,2]==node)
            sum[i]<-sum[i] + phy$edge.length[index]
            node<-phy$edge[index,1]
        }
    }
    depth <- max(sum)
    ##volta a ser usado o codigo da função original
    xx <- depth - xx
    names(xx) <- if (is.null(phy$node.label)) 
        (n + 1):(n + phy$Nnode)
    else phy$node.label
    xx
    
}

</code>

===== Arquivo com o Código da Função =====

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