\documentclass[a4paper, oneside, 10pt]{article}
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\date{\today}
\title{}
\author{}
\begin{document}



\section{\texorpdfstring{Patrícia Coutinho Müller}{Patricia Coutinho Muller}}
\label{sec:patricia_coutinho_muller}


\includegraphics[keepaspectratio=true,width=0.8\textwidth]{bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/pmuller/img_8697}


Mestranda em Oceanografia Biológica pelo Instituto Oceanográfico. Meu projeto visa descrever o repertório acústico das toninhas (\emph{Pontoporia blainvillei}) na Estação Ecológica Tupinambás, litoral norte de São Paulo, e avaliar o seu modo de uso da área.

\subsubsection{\texorpdfstring{Meus exercícios}{Meus exercicios}}
\label{sec:meus_exercicios}


link: \href{http://ecor.ib.usp.br./doku.php?id=05_curso_antigo:r2019:alunos:trabalho_final:pmuller:exec}{.:exec}

\subsubsection{\texorpdfstring{Propostas de trabalho final}{Propostas de trabalho final}}
\label{sec:propostas_de_trabalho_final}


\textbf{Proposta 1}

Em grandes arrastos com redes de plâncton, é comum o uso de um equipamento conhecido como fluxômetro para quantificar o volume total de água filtrado pela rede. Esse equipamento possui um rotor acoplado diretamente a um contador de seis dígitos que registra cada volta de seu rotor interno. O valor indicado no contador deve ser anotado antes e depois de cada coleta. Uma vez que esse valor é obtido, é possível calcular a densidade de cada espécie em determinada amostra. A densidade de uma espécie é dada por: \lstset{frame=single}
\begin{lstlisting}
 De= n/V \end{lstlisting}



onde n é o número total de indivíduos de uma espécie contados em uma amostra e V é o volume de água filtrado pela rede em m³. Por sua vez, o volume de água quantificado pelo fluxômetro é obtido a partir da seguinte equação: \lstset{frame=single}
\begin{lstlisting}
 V= A*(Rf - Ri)*C \end{lstlisting}



onde \texttt{A} corresponde a área da abertura da rede em m², \texttt{Rf} é o valor final indicado no contador do fluxômetro, \texttt{Ri} o valor inicial e \texttt{C} é o fator de aferição obtido após a calibração do fluxômetro. 
Considerando que muitas vezes, o número de espécies é alto assim como o número de amostras, realizar esse trabalho mecanicamente leva bastante tempo. Dessa forma, a proposta é fazer uma função que calcule a densidade de todas as espécies em uma ou mais amostras. 

\textbf{Planejamento da função:}\lstset{frame=single}
\begin{lstlisting}
 Entrada= dens.flux (x, a, c, graphic=T, dec=".") \end{lstlisting}



 \texttt{x} = data frame;

 \texttt{a} = área da abertura da rede (m²);

 \texttt{c} =ator de aferição do equipamento;

 \texttt{Graphic =TRUE}, se usuário deseja gerar um gráfico com as densidades por amostra;

 \texttt{dec=,,."} para que o separador decimal utilizado seja ponto.

\textbf{Verificar parâmetros:}
\begin{itemize}
  \item x é um dataframe com as colunas amostra, espécie, n, Rf, Ri? 
\end{itemize}

\begin{itemize}
  \item As cinco colunas do data frame possuem o mesmo tamanho?
\end{itemize}

\begin{itemize}
  \item As colunas amostra e espécie são vetores de classe caracter?
\end{itemize}

\begin{itemize}
  \item As colunas n, Rf e Ri são vetores de classe integer?
\end{itemize}

\begin{itemize}
  \item Os valores de Rf são maiores que Ri?
\end{itemize}

\begin{itemize}
  \item A é um objeto da classe numérica?
\end{itemize}

\begin{itemize}
  \item C é um objeto da classe numérica? 
\end{itemize}

\begin{itemize}
  \item A e C são maiores que zero?
\end{itemize}


\textbf{Pseudo-código:}
\begin{itemize}
  \item Verificar se os parâmetros estão corretos (usar if e stop – caso não estejam);
\end{itemize}

\begin{itemize}
  \item Transformar NAs em 0 (emitir warning sobre onde ocorreram as possíveis transformações);
\end{itemize}

\begin{itemize}
  \item Criar um objeto dens para guardar o valor das densidades; 
\end{itemize}

\begin{itemize}
  \item Criar um ciclo for ( ) com contador i de 1:n ;
\end{itemize}

\begin{itemize}
  \item Aplicar a equação De= n/ A*(Rf-Ri)*C;
\end{itemize}

\begin{itemize}
  \item Gravar resultado em dens[i];
\end{itemize}

\begin{itemize}
  \item Indexar o objeto dens ao dataframe inicial;
\end{itemize}


Se graphic=T:
\begin{itemize}
  \item Criar um histograma com a densidade média de organismos em cada amostra;
\end{itemize}

\begin{itemize}
  \item Fazer uma lista com o dataframe e o histograma;
\end{itemize}


\textbf{Saída:}
\begin{itemize}
  \item Dataframe inicial com uma nova coluna de densidades (graphic=F) ou lista com o dataframe e histograma (graphic=T).
\end{itemize}


 --- \emph{\href{mailto:delbel.renan@gmail.com}{Renan Del Bel} 2019/06/13 12:53}

Em geral gosto de onde isso está indo, mas acho que podemos investir nessa ideia para que fique ainda melhor.

\textbf{Algumas dúvidas:}
\begin{itemize}
  \item Não entendi direito o input. Por que colocar Rf e Ri para cada espécie?
  \item Onde você usa dec =,,." na função?
  \item Por que no output o histograma retorna na lista e não é só plotado?
  \item Não conheço bem o procedimento, mas seria muito estranho usar equipamentos diferentes, como outra rede ou outro fluxômetro, em cada amostragem? 
  \item Seria possível fazer amostragem em dias diferentes, e nesse caso seria possível ter C diferente para cada medição, mesmo se for usado o mesmo aparelho?
  \item Pensando sobre como seria mais comum anotar esses dados em campo, imagino que você teria uma tabela de medidas do fluxômetro para cada amostra, mas cada amostra teria a própria tabela de espécies com suas respectivas abundância, faz sentido?
\end{itemize}


\textbf{O que eu sugiro:}

Sobre o input:
\begin{itemize}
  \item Deixe explícito como utilizar o parâmetro 'dec', inclusive o que acontece se outro valor for atribuído a ele.
\end{itemize}

\begin{itemize}
  \item Imagino que o ideal seja um dataframe espécie/abundância/amostra e outro dataframe amostra/Rf/Ri/A/C. 
\end{itemize}


Sobre a verificação de dados:
\begin{itemize}
  \item Não apenas verifique se o formato está correto, tente converter para o correto quando possível.
\end{itemize}

\begin{itemize}
  \item Um dataframe não pode ter colunas de tamanhos diferentes, uma coisa amenos para fazer :)
\end{itemize}

\begin{itemize}
  \item Como tratar se uma espécie aparece mais de uma vez no data frame, na mesma amostra?
\end{itemize}

\begin{itemize}
  \item Supondo que você decidiu aceitar minha sugestão de input, o que acontece se a pessoa tiver várias amostras em um data frame mas só uma amostra no outro?
\end{itemize}


Sobre output:
\begin{itemize}
  \item Você não precisa incluir os gráficos em um objeto, apenas plote eles. Se o usuário quiser ográfico salvo, basta abrir um device (por exeplo pdf()) antes de rodar a sua função. Ou, você pode deixar salvar os gráficos no computador como opção extra da sua função.
\end{itemize}


Além disso, não entendi porque o o loop usa 1:n. Imagino que você quis dizer 1:número de linhas de x?

Note que as sugestões que dei tornam a função mais complexa. Planeje antes como implementar elas. Se tiver dúvidas pode entrar em contato, vou deixar meu e-mail aqui: delbel.renan@gmail.com. 

Obrigada, Renan! Com base nas suas sugestões e em algumas dúvidas que tirei com você, vou optar por utilizar dois data frames, da forma que sugeriu, e vou tentar converter para o formato correto sempre que possível. Além disso, vou colocar um if para evitar que o número de amostras nos data frames seja diferente e também para que a mesma espécie não se repita em uma amostra. Para aplicar a equação farei indexação das colunas, ao invés de usar loop. O output da função não será a lista, como você sugeriu, um gráfico será só plotado mesmo. Quanto ao dec=,,.", estou pensando que talvez não seja necessário na função... Mais uma coisa, ao invés de transformar os NAs em 0 também pensei em ocultar as linhas com NA.

--- Patrícia \emph{em 25/06/2019 }

\textbf{Proposta 2}

Temperatura e salinidade são algumas das propriedades físicas mais importantes da água do mar. Exercem influência em muitos eventos químicos, físicos, geológicos e biológicos. Variações de temperatura e salinidade também se combinam para determinar a densidade da água do mar, a qual influencia os movimentos verticais de massas d’água com consequências no ambiente marinho em todos os aspectos. O CTD (Conductivity, Temperature and Depth) é um equipamento muito utilizado na Oceanografia para se obter valores de condutividade, profundidade e temperatura da água do mar. A partir dos dados gerados, comumente é elaborado um diagrama T-S que permite visualizar a temperatura em função da salinidade nas diferentes profundidades amostradas. Dessa forma, a minha proposta é elaborar um diagrama T-S a partir de dados brutos obtidos pelo CTD (ou outra sonda multiparâmetros que registre as mesmas variáveis). 

\textbf{Planejamento da função:}\lstset{frame=single}
\begin{lstlisting}
 Entrada= t.s (t, c, p, sal=F, dec=".") \end{lstlisting}



\texttt{t} = temperatura (°C);

\texttt{c} = condutividade (mS/cm) (sal=F) ou salinidade (PSU) (sal=T);

\texttt{p} = profundidade (m);

\texttt{sal} =FALSE, se o usuário for usar dados de condutividade para converter para salinidade;

\texttt{dec}=”.” para que o separador decimal utilizado seja ponto.

\textbf{Verificar parâmetros:}
\begin{itemize}
  \item t é um vetor da classe numérica?
\end{itemize}

\begin{itemize}
  \item c é um vetor da calsse numérica?
\end{itemize}

\begin{itemize}
  \item c é maior que 0?
\end{itemize}

\begin{itemize}
  \item p é um vetor da classe numérica? 
\end{itemize}

\begin{itemize}
  \item p é um vetor maior que 0?
\end{itemize}

\begin{itemize}
  \item t,c e p possuem o mesmo tamanho?
\end{itemize}


\textbf{Pseudo-código:}
\begin{itemize}
  \item Transformar cada variável a ser utilizada na função (t, c e p) em um objeto do tipo vetor;
\end{itemize}

\begin{itemize}
  \item Verificar se os parâmetros estão corretos (usar if e stop – caso não estejam);
\end{itemize}

\begin{itemize}
  \item Omitir NAs;
\end{itemize}


Se sal=F
\begin{itemize}
  \item Criar um objeto salin para guardar o valor da salinidade; 
\end{itemize}

\begin{itemize}
  \item Criar um ciclo for ( ) com contador i de 1: length \copyright  ;
\end{itemize}

\begin{itemize}
  \item Converter a condutividade para µS/cm (multiplicar por 10³)
\end{itemize}

\begin{itemize}
  \item Aplicar a equação para converter condutividade em salinidade:((5.572/10\textasciicircum{}4) *c)+ ((2.02/10\textasciicircum{}9)*c²)
\end{itemize}

\begin{itemize}
  \item Gravar resultado em salin[i];
\end{itemize}

\begin{itemize}
  \item Plotar o diagrama de Temperatura e Salinidade relacionando com as profundidades em que foram obtidos (nomear diag.ts).
\end{itemize}

\begin{itemize}
  \item Retornar diag.ts.
\end{itemize}


 --- \emph{\href{mailto:delbel.renan@gmail.com}{Renan Del Bel} 2019/06/13 13:00}

Essa não é uma função ruim, mas para os objetivos do trabalho final ela é muito simples.

Sugiro investir na proposta A.

\subsubsection{\texorpdfstring{Trabalho final:}{Trabalho final}}
\label{sec:trabalho_final}


Como indicado, segui com a proposta 1 que faz o cálculo da densidade de espécies em diferentes amostras. 

\href{http://ecor.ib.usp.br./doku.php?id=05_curso_antigo:r2019:alunos:trabalho_final:pmuller:funcao}{.:Função} e \href{http://ecor.ib.usp.br./doku.php?id=05_curso_antigo:r2019:alunos:trabalho_final:pmuller:pagina_de_ajuda}{.:página de ajuda}.

\end{document}
