\documentclass[a4paper, oneside, 10pt]{article}
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\date{\today}
\title{}
\author{}
\begin{document}



\section{\texorpdfstring{Lucas Arantes Camacho}{Lucas Arantes Camacho}}
\label{sec:lucas_arantes_camacho}


\includegraphics[keepaspectratio=true,width=0.8\textwidth]{bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/lucas.camacho/lattes}


\textbf{Bacharel em Biologia e Mestrando em Ecologia pelo Instituto de Biociências da USP}

Meus interesses de pesquisa são:
\begin{itemize}
  \item Coevolução
  \item Interações Ecológicas (Mutualismos e Antagonismos)
  \item Redes ecológicas
\end{itemize}


Em meu mestrado, vou usar modelos matemáticos e redes empíricas de interações ecológicas para investigar o papel das forças de interações em diferentes dinâmicas coevolutivas.

\url{http://guimaraes.bio.br/people.html}

Link para exercícios realizados
\href{http://ecor.ib.usp.br./doku.php?id=05_curso_antigo:r2018:alunos:trabalho_final:lucas.camacho:exec}{.:exec}

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\end{center}



\begin{center}
\line(1,0){250}
\end{center}



\begin{center}
\line(1,0){250}
\end{center}



\subsection{\texorpdfstring{Trabalho Final}{Trabalho Final}}
\label{sec:trabalho_final}


\subsubsection{\texorpdfstring{Proposta I}{Proposta I}}
\label{sec:proposta_i}


\textbf{Contextualização}

A disciplina Ecologia de Comunidades e Ecossistemas é oferecida para o curso de graduação em Biologia pelo Inst. de Biociências da USP, abordando padrões em larga escala como surgimento e manutenção da biodiverdade e macroevolução \textsuperscript{[1]}. Na primeira aula da disciplina, os alunos são expostos ao modelo logístico de crescimento de populações (Figura abaixo), para observar como uma equação não-linear pode gerar dinâmicas populacionais complexas e até caóticas. 

\centering\includegraphics[keepaspectratio=true,width=0.8\textwidth]{bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/lucas.camacho/primeira}


A equação nos diz o tamanho de uma população \texttt{N} no tempo \texttt{t+1}  com uma certa taxa de crescimento intrínseca \texttt{r} e um tamanho populacional no tempo \texttt{t}\textsuperscript{[2]}. Aqui nós usamos a densidade populacional sendo uma proporção, fazendo com que o valor de \texttt{k} , a capacidade suporte, seja 1. Pensando que este é um modelo matemático, ele pode gerar resultados que não tem nenhum sentido biológico como por exemplo, um valor alto de \texttt{r (\textgreater 3.95)} gera tamanho populacionais negativos. Matematicamente correto, porém biológicamente irreal.
É interessante que os alunos comparem uma dinâmica da equação logística com a equação de crescimento exponencial, sendo esta a equação fundamental que deriva as outras.

\centering\includegraphics[keepaspectratio=true,width=0.8\textwidth]{bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/lucas.camacho/seg}


A aula em questão é composta por metade teórica e metade prática, sendo que na aula prática os alunos recebem um arquivo em formato excell (\emph{.xlsx}) onde há duas abas, uma delas com um gráfico  do tamanho da(s) população(ões) estudadas e outra com as células dos valores de tempo  de simulação, \texttt{N} inicial e \texttt{r} de duas populações de interesse. O objetivo desta prática é entender como diferentes valores de \texttt{N} e \texttt{r} afetam a dinâmica populacional de uma ou duas populações quaisquer.

Minha função tem como objetivo substituir o arquivo \emph{.xlsx} usado na aula prática para uma função em R, realizando a mesma tarefa de simular dinâmica populacional de até duas populações e gerar um gráfico de população por tempo. Minha função vai permitir que a pessoa escolha qual dinâmica irá simular: \emph{logística} ou \emph{exponencial}, para que possa haver uma comparação entre as dinâmicas e gerar discussões.

Obs: A prática em questão foi elaborada pelos docentes da disciplina. Os arquivos podem ser baixados nos linques abaixo
\begin{itemize}
  \item \href{http://guimaraes.bio.br/Roteiro_aula_pratica_1.docx}{roteiro}
  \item \href{http://guimaraes.bio.br/Pratica01.xlsx}{excell}
\end{itemize}


\textbf{Planejamento:}

\textbf{Entrada:} \texttt{simu\_pop(eq, t, ni, nj, ri, rj)}
\begin{itemize}
  \item \texttt{eq} = Modelo a ser simulado (character, \texttt{exponencial}; \texttt{logistico})
  \item \texttt{t} = número de passos de tempo da simulação (integer)
  \item \texttt{ni} = densidade populacional inicial da espécie \texttt{i} (float, 0 \textless  \texttt{ni} \textgreater  1)	
  \item \texttt{nj} = densidade populacional inicial da espécie \texttt{j} (float, 0 \textless  \texttt{nj} \textgreater  1)
  \item \texttt{ri} = taxa intrínseca de crescimento da espécie \texttt{i} (float, 1.1 \textless  \texttt{ri} \textgreater  3.95)
  \item \texttt{rj} = taxa intrínseca de crescimento da espécie \texttt{j} (float, 1.1 \textless  \texttt{rj} \textgreater  3.95)
\end{itemize}


\textbf{Conferindo argumentos}
\begin{itemize}
  \item \texttt{eq} só possui duas entradas possíveis (\texttt{exponencial}; \texttt{logistico}), caso seja diferente, retorne erro
  \item \texttt{ni} e \texttt{nj} devem ser valores entre 0 e 1, caso contrário, retorne erro
  \item \texttt{ri} e \texttt{rj} devem ser valores entre 1.1 e 3.95, caso contrário, retorne erro
\end{itemize}


\textbf{Saída}
\begin{itemize}
  \item Gráfico mostrando o caminho das densidades populacionais em função do tempo, separando as populações por cores diferentes. 
\end{itemize}


\textbf{Referências}

1. \href{https://uspdigital.usp.br/jupiterweb/obterDisciplina?sgldis=BIE0214\&nomdis=}{Página da disciplina no sistema de graduação JúpiterWeb}. Acessado em 02/05/2018.

2. Gotelli, N. (2008). A primer of ecology. Sinauer Associates is an imprint of Oxford University Press; 4th edition. Comentários Andre Chalom
Salve, Lucas!

Excelente proposta! Vamos convencer os professores a virem todos para o lado \href{https://en.wikipedia.org/wiki/Free_software_movement}{livRe da foRça}!

Alguns comentários sobre a proposta:
\begin{enumerate}
  \item Porque as taxas precisam ser entre 1.1 e 3.95? Isso tem um motivo teórico, ele pode estar na descrição da função ;-)
  \item Na escolha dos argumentos, você precisa dizer qual número corresponde a ,,exponencial" ou ,,logística". Alternativamente, você pode usar a função \textbf{match.arg}... 
\end{enumerate}


Por fim, preciso ser chato e dizer que sua proposta tem uma certa confusão entre processos de tempo contínuo (equação logística) e tempo discreto (mapa logístico). Mas como isso não está no escopo dessa disciplina, sua avaliação não vai depender disso.Oi Andre,

muito obrigado pelo feedback. 

Vou fazer a função da Proposta I mesmo. 

Já adicionei o motivo dos valores de \texttt{r} serem limitados e coloquei que o argumento para o \texttt{eq} agora são caracteres \texttt{logistic} e \texttt{exponential}. Também dei uma mudada no texto. Muito obrigado.

Lucas Camacho

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\paragraph{\texorpdfstring{Proposta II}{Proposta II}}
\label{sec:proposta_ii}


\textbf{Contextualização}

Os serviços de streaming de música tem se tornado cada vez mais comuns, disponibilizando uma ,,infinidade" de músicas dos mais diversos gêneros conhecidos. Com isso, surgiu o serviço de criação de playlists de música para determinados tipos de humor, que podem ser escolhidos pelo ouvinte. Porém, muitos destes serviços são pagos ou possuem playlists já prontas e com músicas, muitas vezes, desconhecidas pelo usuário. Dessa forma, seria interessante que houvesse um programa \sout{simples} que receba suas listas de músicas classificadas de acordo com seu gosto e gere playlists de músicas que te direcionem para um determinado humor desejado. Considere o cenário \sout{hipotético}: 

Digamos que você está no primeiro semestre da pós-graduação e você acaba de perceber que não rendeu \sout{muito} em seu projeto, gerando a possibilidade de uma bronca do seu orientador \textbf{carioca}. Isso ocorreu pois você estava ocupado com disciplinas relacionadas a estatística e programação em R. Essa situação te leva a um sentimento de tristeza e frustação e tudo o que você quer é se sentir mais feliz e compreendido. A música pode te ajudar, ainda mais quando sua playlist apenas contém as suas próprias músicas e é ordenada de uma forma que no início acompanha seu humor atual e, aos poucos, te leva ao humor desejado, caso você queira mudar de humor.

A função proposta vai ler uma lista de músicas do usuário com uma classificação numérica dada pelo próprio usuário. Com essa lista, a função retornará uma lista de músicas de tamanho escolhido pelo usuário, com músicas semelhantes ao humor de entrada e se o usuário desejar, músicas que passem do humor atual para um determinado humor desejado. Caso o usuário não queira mudar o seu humor, a função  retorna uma playlist apenas com músicas que acompanham o humor de entrada.

\textbf{Planejamento:}

\textbf{Entrada:} \texttt{get\_playlist(list, n, he, hs)}
\begin{itemize}
  \item \texttt{list} = lista de músicas já classificadas do usuário (list)
  \item \texttt{n} =  número de músicas (integer)
  \item \texttt{he} = humor de entrada (string, \texttt{alegre}, \texttt{triste}, \texttt{calmo}, \texttt{ansioso}, \texttt{focado}, \texttt{relaxado})
  \item \texttt{hs} = humor de saída (\texttt{NULL} por default ou string, \texttt{alegre}, \texttt{triste}, \texttt{calmo}, \texttt{ansioso}, \texttt{focado}, \texttt{relaxado})
\end{itemize}


\textbf{Conferindo argumentos}
\begin{itemize}
  \item \texttt{list} deve ser de classe \texttt{list} e deve ser semelhante ao exemplo abaixo, caso contrário, retorne erro.
\end{itemize}
\begin{longtable}{|l|l|l|l|l|l|l|}
\hline
               & \textbf{ Alegre} & \textbf{ Triste} & \textbf{ Calmo } & \textbf{Ansioso } & \textbf{Focado } & \textbf{Relaxado } \\ 
\hline
 
\textbf{ Música 1     } &  1      &  0      & 0       & 0        & 0       & 1         \\ 
\hline
 
\textbf{ Música 2     } &  1      &  0      & 0       & 0        & 0       & 1         \\ 
\hline
 
\textbf{ Música 3     } &  0      &  1      & 1       & 0        & 1       & 0         \\ 
\hline
 
\end{longtable}


\begin{itemize}
  \item \texttt{n} máximo é igual ao número total de músicas em \texttt{list}, caso contrário, retorne erro
  \item \texttt{he} deve pertencer a uma lista de humores disponíveis, caso contrário, retorne erro
\end{itemize}


\textbf{Saída}
\begin{itemize}
  \item Lista de músicas de tamanho \texttt{n} determinado pelo usuário 
\end{itemize}
 Comentários Andre Chalom

Essa proposta é muito bacana, mas está bastante crua. Ela tem a descrição de ,,o que" vai ser feito, mas se vc estiver pensando em fazer essa função, é importante detalhar mais o ,,como" vai ser feito. Sugiro fazer um pseudo-código pra estruturar as ideias.

Abs!

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\paragraph{\texorpdfstring{Versão Final - Função simu\_pop()}{Versao Final  Funao simu_pop}}
\label{sec:versao_final__funao_simu_pop}


Decidi seguir com a \textbf{Proposta I} do trabalho final, criando uma função que simula populações virtuais com base em dois modelos clássicos da ecologia: o modelo exponencial e o modelo logístico. Para essa função, basta escolher qual modelo você quer simular, o tempo da simulação e os parâmetros \texttt{n} e \texttt{r} das populações que você terá um gráfico com as simulações, atingindo enfim nosso objetivo de oferecer uma ferramenta alternativa para a primeira aula prática da disciplina.
\begin{itemize}
  \item Link para o código da função: \href{http://ecor.ib.usp.br./doku.php?id=05_curso_antigo:r2018:alunos:trabalho_final:lucas.camacho:simu_pop}{simu\_pop.R}
  \item Link para a página de ajuda da função: \href{http://ecor.ib.usp.br./doku.php?id=05_curso_antigo:r2018:alunos:trabalho_final:lucas.camacho:help}{help.txt}
\end{itemize}


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\textbf{Contatos}

\textbf{e-mail:} lucas.camacho@usp.br

\textbf{skype:} lucas.arantes666

\end{document}
