\documentclass[a4paper, oneside, 10pt]{article}
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\author{}
\begin{document}



\section{\texorpdfstring{Neri N. H. V.}{Neri N H V}}
\label{sec:neri_n_h_v}


\includegraphics[keepaspectratio=true,width=0.8\textwidth]{bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/nerina/p2160031}


Meu interesse é trabalhar em \textbf{ecologia, medio ambiente, biodiversidade e mudanças  climáticas}. O alvo de meu trabalho de pesquisa é aprender a trabalhar com modelos usando só base de dados disponíveis de pesquisas anteriores.\\Em razão do  exposto,  escolhi como linha de pesquisa trabalhar analisando como as \emph{mudanças na estrutura da paisagem e outros fatores podem influenciar a presença de um evento determinado em um  determinado tempo}, no caso de minha tese:  casos de \emph{Leishmanioses no estado de São Paulo} durante os últimos 15 anos. Aprender a mexer muito bem em todas as ferramentas informáticas que possam me ajudar a responder as hipóteses de meu trabalho é a razão pela qual escolhi esta disciplina.\\

\subsection{\texorpdfstring{Meus Exercícios}{Meus Exercicios}}
\label{sec:meus_exercicios}


\href{http://ecor.ib.usp.br./doku.php?id=05_curso_antigo:r2016:alunos:trabalho_final:nerina:script_exercicios}{.:Script Exercícios}

\href{http://ecor.ib.usp.br./doku.php?id=05_curso_antigo:r2016:alunos:trabalho_final:nerina:propostas}{.:Propostas}

\subsection{\texorpdfstring{Trabalho final}{Trabalho final}}
\label{sec:trabalho_final}


\subsection{\texorpdfstring{Página de ajuda}{Pagina de ajuda}}
\label{sec:pagina_de_ajuda}
\lstset{frame=single}
\begin{lstlisting}

Data Input

Descrição

“reordenar" é uma função que lê uma tabela de um arquivo cujo formato tem cabeçalhos em todas as colunas e nomes nas linhas, e os dados numéricos no interior da tabela. Essa função, transforma essa tabela em um data.frame com os valores restruturados.

Uso

reordenar(documento, sep, transpor= FALSE,colunomes,docfinal, resumo=FALSE, histograma=FALSE)

Argumentos

documento	nome do arquivo que vai ser lido do diretório. Ele deve ser uma cadeia de caracteres (do tipo  string)(ver file). 
 
sep		vetor de dois elementos da classe caractere que é a cadeia de campo separador. Os valores dentro de        cada linha do documento estão separados por esta cadeia.

transpor	FALSE por padrão, caso seja TRUE a tabela vai ser transposta antes de reordenar os valores.

colunomes	vetor da classe caractere com os nomes das três colunas que vai ter a nova tabela. A primeira coluna tem os valores numéricos por padrão.

docfinal	nome do arquivo, cadeia de caracteres que vai ser salvo no console segundo o diretório de trabalho.

resumo		FALSE por padrão, caso seja TRUE além da tabela ele gera uma lista na tela com o total de valores por cada fator, os três valores máximos numéricos com seus fatores associados, três valores mínimos diferentes de zero, número de zeros presentes nos dados, e quantidade de NAs.

histograma	FALSE por padrão, caso seja TRUE será feito um histograma dos valores numéricos totais.

Detalhes

A função muda a ordem da tabela, após ler o arquivo e dependendo se o usuário escolheu a opção transpor a tabela ou não previamente. 
Os dados numéricos ficarão em uma coluna só, que vai ser a primeira coluna do data.frame. 
Os cabeçalhos das linhas e colunas serão reconhecidos como fatores e inseridos como a segunda e terceira coluna do data.frame respectivamente.
O resultado da função mostra na tela o data.frame restruturado e também salvará o arquivo segundo o formato que o usuário deseje (.txt, .csv, ver write.table).
Caso o usuário deseje, ele também tem a opção de pedir um resumo com a somatória dos dados por fator e também terá a opção de gerar um histograma dos dados numéricos.

Valores

A tabela gerada é um data.frame de um formato que permite ser reconhecido para analises posteriores.  
Caso usuário erre a entrada dos argumentos, a função gera uma mensagem de advertência.

Autor(es)

Nerida Nadia H. Valero
neridanadia@gmail.com

Referências

Crawley, M.J., 2012. The R book. John Wiley & Sons.


############################################
##Exemplos

G=paste("T",sep="", seq(1,4))
A= c(5,4,0,2)
B= c(9,0,0,2)
C= c(6,1,NA,0)
D= c(2,0,2,2)
E= c(5,18,2,5)

prova<-data.frame(G=G, A=A, B=B, C=C, D=D, E=E)
prova

write.table(prova,file="prova.csv", sep=";", row.names = FALSE, na="NA", dec=".", col.names = TRUE)
write.table(prova,file="prova2.csv", sep=",", row.names = FALSE, na="NA", dec=".", col.names = TRUE)
write.table(prova,file="prova.txt", sep="\t", row.names = FALSE, na="NA", dec=".", col.names = TRUE)

reordenar("prova.csv", sep=c(";","\t"),transpor= FALSE,colunomes=c("c1","m1","a1"), "pru1.txt")
reordenar("prova2.csv", sep= c(",",","),transpor= FALSE,colunomes=c("c1","m1","a1"), "pru1.txt", resumo=TRUE, histograma= TRUE)
reordenar("prova.txt", sep=c("\t","\t"),transpor= TRUE,colunomes=c("c1","m1","a1"), "pru2.txt")

\end{lstlisting}



\subsection{\texorpdfstring{Código da função}{Codigo da funao}}
\label{sec:codigo_da_funao}
\lstset{frame=single}
\begin{lstlisting}

##Funcao reordenar
reordenar<-function(documento, sep, transpor= FALSE,colunomes,docfinal, resumo=FALSE, histograma=FALSE)#entrada
{
  sepa= c(NA,NA)## vetor vazio que salva os separadores inicial e final
  sepa=sep## recebe os separadores
  if(is.character(documento) == FALSE )##se o nome do arquivo não esta entre aspas
  {
    stop("o argumento tem que ser um arquivo externo, ponha a ruta entre aspas")## mensagem de erro que alerta a forma em que deve ser escrito o input
  }
  
  if(missingArg(colunomes) )## se os nomes das novas colunas não  são itroduzidos
  {
    stop("tem que escrever os cabecalhos das colunas")
  }
  if(missing(docfinal))#se o formato do arquivo não é especificado
  {
    stop("tem que especificar o nome e formato do arquivo final: .txt, .csv")
  }
  
  if (transpor == FALSE)##indica que o usuario nao quer transpor a tabela.
  {
    documento<-read.csv(documento, sep=sepa[1], header =TRUE,  na.strings = "NA")##lê a tabela, separador posição [1], a tabela tem cabeçalhos, considera os NA
    b<- (documento[,-1])##tira a primeira coluna de caracteres que logo serão o fator 1.
    c<-as.matrix(b)##mudo a matriz para poder colocar os dados em uma coluna.
    d<- matrix(c, nrow=(nrow(c)*ncol(c)), ncol=1)##crio uma matriz de uma coluna
    d<-as.data.frame(d)##mudo para dataframe para poder adicionar colunas.
    d$f1<-rep(documento[,1], times=ncol(c))##agrego uma nova coluna com o fator1 
    d$f2<-rep(names(b), each=nrow(c))##agrego uma nova coluna com o fator2
    fn<-c()##vetor vazio para receber os nomes das colunas  
    fn<-colunomes##ingresso dos nomes no vetor
    colnames(d)<-fn##coloco os nomes
    resulta=d## objeto resultado
  }
  if (transpor == TRUE)##indica que o usuario quer transpor a tabela
  {
    documento<-read.csv(documento, sep=sepa[1],header=TRUE)##le a tabela, sep posiçao [1]
    b<-t(documento)##transpoe a tabela
    c<-b[-1,]##tira a primeira coluna de caracteres que logo sera o fator 1.
    d<-matrix(c, nrow= (nrow(c)*ncol(c)), ncol=1)##crio diretamente a matriz de uma coluna, nao precisa de mudar previamente pois o resultado da funÃ§Ã£o t() Ã© uma matriz
    d<-as.data.frame(d)## mudo para dataframe para adicionar as colunas
    d$f1<-rep(documento[,1], each=nrow(c))##agrego a coluna com o fator1
    d$f2<-rep(rownames(c), times=ncol(c))##agrego a coluna com o fator2
    fn<-c()##vetor vazio para receber os nomes das colunas
    fn<-colunomes##ingresso os nomes das colunas
    colnames(d)<-fn##coloco os nomes
    resulta=d## objeto resultado
  }  
  if(resumo==TRUE)##indica que o usuario deseja um resumo dos totais e maximos da tabela (so na tela) 
  {
    t1=tapply(d[,1],d[,2],sum)##total por fator 1
    t2=tapply(d[,1],d[,3],sum)##total por fator 2
    m<-head(d[order(d[,1], decreasing = TRUE),], 3)## os três valores máximos
    z<-nrow(d[d==0,])##quantos zeros têm os dados
    nz<-(d[d!=0,])##valores mínimos diferentes de 0
    min<-head(nz[order(nz[,1], decreasing = FALSE),], 3)
    n<-length(d[is.na(d)])## quantos NA têm os dados
    resulta=list(tabela=d, f1=t1, f2=t2, maximos=m, minimos=min, zero=z, na=n)## objeto resultado com a tabela e a lista do resumo
  }
  if(histograma == TRUE)## se o argumento é verdadeiro
  {
  
    hist(d[,1], xlab = colunomes[1], ylab = "frequência", main= paste("Histograma de", colunomes[1]))## gráfico de histograma
  }
  write.table(d,file=docfinal,sep = sepa[2],row.names=FALSE)##salvo a tabela em um arquivo, separador posição[2]
  return(resulta)## mostra na tela a tabela modificada
}


\end{lstlisting}



\subsection{\texorpdfstring{Arquivo da função}{Arquivo da funao}}
\label{sec:arquivo_da_funao}


codigo
\href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/nerina/reordenar.r}{reordenar.r}
exemplos de  input
\href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/nerina/prova.txt}{prova.txt}
\href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/nerina/prova.csv}{prova.csv}
\href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/nerina/prova2.csv}{prova2.csv}\href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/nerina/prova2.csv}{prova2.csv}
exemplos de output
\href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/nerina/pru1.txt}{pru1.txt}
\href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/nerina/pru2.txt}{pru2.txt}

\subsection{\texorpdfstring{Urls}{Urls}}
\label{sec:urls}


\url{http://127.0.0.1:13620/library/base/html/connections.html}
\url{http://127.0.0.1:13620/library/utils/html/write.table.html}

\end{document}
