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| ==== Resumo gráfico ==== | ==== Resumo gráfico ==== | ||
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| ==== Contextualização ==== | ==== Contextualização ==== | ||
| A reconstrução de estado ancestral é um método que permite entender a evolução de um caracter morfológico, neste caso discreto (//e.g.// Simetria da flor), quantificando as transformações entre os estados do caracter (//e.g.// actinomórfica, zigomórfica) sobre uma árvore filogenética. Existem duas aproximações para fazer reconstrução de estado ancestral, uma delas é estimando o estado mais provável para cada nó numa filogenia usando a função de Máxima Verossimilhança; a outra opção, amplamente usada atualmente, é uma aproximação Bayesiana que simula múltiplas reconstruções de estado ancestral sobre uma filogenia e estima a probabilidade posterior da cada um dos estados de caracter ocorrer em cada um dos nós da filogenia. O primeiro passo da análise é escolher o modelo de evolução que melhor explica a transformação entre os estados do carácter (q). Existem três modelos baseados no modelo mais básico para caracteres discretos que é o MK: | A reconstrução de estado ancestral é um método que permite entender a evolução de um caracter morfológico, neste caso discreto (//e.g.// Simetria da flor), quantificando as transformações entre os estados do caracter (//e.g.// actinomórfica, zigomórfica) sobre uma árvore filogenética. Existem duas aproximações para fazer reconstrução de estado ancestral, uma delas é estimando o estado mais provável para cada nó numa filogenia usando a função de Máxima Verossimilhança; a outra opção, amplamente usada atualmente, é uma aproximação Bayesiana que simula múltiplas reconstruções de estado ancestral sobre uma filogenia e estima a probabilidade posterior da cada um dos estados de caracter ocorrer em cada um dos nós da filogenia. O primeiro passo da análise é escolher o modelo de evolução que melhor explica a transformação entre os estados do carácter (q). Existem três modelos baseados no modelo mais básico para caracteres discretos que é o MK: | ||
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| **ER:** As taxas de transformação entre estados são iguais, q12 = q21. | **ER:** As taxas de transformação entre estados são iguais, q12 = q21. | ||
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| A função tem como saída um gráfico de barras (barplot) com a frequência relativa de árvores para os quais cada um dos modelos de evolução de caracter foram escolhidos como o melhor modelo. Um arquivo .tre com a amostra de árvores analisada (caso que o usuário deseje fazer o análise com uma sub-amostra). Finalmente a função retorna um data frame com número de linhas igual ao número de árvores analisadas, e 5 colunas, uma com o ID de cada árvore, 3 contendo os valores para cada um dos critérios de seleção dos modelos de evolução (ARD, ER e SYM) e a última coluna com a nome do melhor modelo estimado para cada árvore, baseado em cada um dos critérios | A função tem como saída um gráfico de barras (barplot) com a frequência relativa de árvores para os quais cada um dos modelos de evolução de caracter foram escolhidos como o melhor modelo. Um arquivo .tre com a amostra de árvores analisada (caso que o usuário deseje fazer o análise com uma sub-amostra). Finalmente a função retorna um data frame com número de linhas igual ao número de árvores analisadas, e 5 colunas, uma com o ID de cada árvore, 3 contendo os valores para cada um dos critérios de seleção dos modelos de evolução (ARD, ER e SYM) e a última coluna com a nome do melhor modelo estimado para cada árvore, baseado em cada um dos critérios | ||
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